他是当时皇后（天智天皇女，后来的持统天皇）的儿子，在他年幼的时候（672年），发生了壬申之乱，这是一场皇位的争夺战。后来在679年时，天武天皇行幸吉野，下诏皇后、草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川岛皇子、忍壁皇子、施基皇子等人，要求他们发誓以后不会为了皇位而有所争夺，这件事史称为“吉野盟约”。后来在681年时，正式立草壁皇子为皇太子。

686年时，天武天皇过世，皇后便代为执政，但这时候却发生了大津皇子叛变之事。皇后为了要巩固草壁皇子的地位，便逮捕大津皇子与他的党羽，将大津皇子处以死刑。至于草壁皇子，当时负责主持处理天武天皇后事，包括建筑陵墓与带领祭拜等等。然而他天生体弱多病，就在689年以二十八岁之龄病逝。

因为他原本应该要继承皇位却不幸早逝，再加上他的妻儿后来也相继担任天皇，因此他被追封为“冈宫御宇天皇”。其墓为“冈宫天皇真弓丘陵”（又称冈宫天皇陵、草壁皇子墓），位在奈良县高市郡高取町。