荷包花科的学名Calceolariaceae由模式属荷包花属学名Calceolaria的复合形式Calceolari-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“荷包花属”中的专名“荷包花”加上“科”字构成。