2015年10月22日，根据新建福州站（含）至漳州站（含）客运专线大致确定的走向和沿途设站规划，莆田站为其途经站。

2019年12月30日起，莆田站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。

2022年3月17日，在福建省福厦高铁莆田站漳州端施工现场，由中铁十一局集团自主设计、自主研发的全国先进新型铺轨机组将一对500米长钢轨，平稳地铺设在邻线无砟轨道板上，标志着我国首条跨海高铁——福厦高铁开始铺轨。11月，莆田火车站涉铁预埋工程F2线左线盾构机平稳通过铁路轨道区域，至此该工程六条地下通道均顺利浅覆土近距离下穿“八纵八横”高速铁路主通道之一的杭深线，穿越过程中杭深线每日300余趟列车正常运行。

2023年5月，新建福厦高铁莆田站站房已经全面完工，正在进行最后的设备调试。8月29日，随着新建福州南站客站服务智能管控平台调试完成，标志着福厦高铁全线站房建设完成。9月28日，福州至厦门至漳州高铁将开通运营。

　2024年1月26日，进出莆田火车站西广场的秀永高速高架连接线、站前广场交通及部分配套工程投入使用。

●设计理念

莆田站设计借用莆田滨海特色、妈祖文化特色、对台特色以及莆田民俗风格，外立面为玻璃幕墙，内装饰以福建花岗岩及铝板为主要材料，总体造型有“妈祖文化”“闽南文化”“海滨文化”等元素。

莆田高铁站根据妈祖发髻的造型特色，采用“梳帆载志，腾浪远航”的设计理念。立面体现山海交汇，帆髻昂扬，中部耸起，呼应莆田山水之势，抒意人文风貌，体现拼搏精神。站内设计也融入祥云等元素。

●设计参数

截至2010年4月，莆田站总建筑面积3.0522万平方米，售票大厅约500多平方米，雨棚面积3.47万平方米，建筑总高度31米；设计最高聚集旅客数5000人。

截至2010年4月，莆田站站房采取线侧平式，竖向分为出站层、站台层和进站层三个层面，其中出站层为一层地下室。莆田站左侧售票大厅共设置了13个人工售票窗口。莆田站的检票口设在候车大厅靠站台的一边，其中一楼有5个检票口，二楼有5个。

截至2017年1月，莆田站出站设有综合交通枢纽，地下一层设有商业设施，地上一层为候车大厅，二层为办公区。地上三层、四层暂未投用。一层候车厅设10个检票口。

2023年9月28日，福厦高铁开通，新建站房为高架跨线式站房，通过廊道连接新旧站房实现联通。

截至2010年4月，莆田站拥有3台10线，设到发线10条，基本站台一座和中间站台2座，途经莆田站的线路有杭深铁路福厦段和永莆铁路。

2023年9月28日，福厦高铁开通，莆田站新站房投入使用，站台规模增至6台17线。

截至2019年2月，莆田站售票大厅设置了3台铁科院老式取票机（代号：151、152、153）、5台铁科院新式取票机（代号：156、157、158、159、160）和1台铁科院自动售取票机（代号：121）、3台易程自动售取票机（代号：122、123、124），此外，公交出站口设置1台网新自动取票机（代号：154）；站内1层服务台旁设置1台网新自动取票机（代号：155）。自助售票机采用触摸屏技术，操作后旅客可根据系统提示便捷购票。

● 公安制证

截至2010年4月，莆田站在售票厅内设有临时制证窗口。

●刷脸进站

截至2019年1月，莆田站出发层设有自助验证快速通道，“刷脸进站”的实名制验证快速闸机，该通道集验票、验证、验人、检票四大功能于一身，持有效的二代居民身份证的旅客，通过人脸识别就可自助进站。

●候车室设施

莆田站交通枢纽一层的候车厅配有母婴室、贵宾室、商铺、卫生间、茶水间、医务室、小件寄存等配套设施，方便各类旅客候车。

2014年铁路春运，莆田站累计发送旅客40万人次。

2018年铁路春运，莆田站旅客运输量为145.7501万人次。

截至2024年4月，莆田站出站口右侧设有卡位式公交总站，共24条公交线路。

截至2024年4月，莆田站出站口右侧设有出租车接送点。网约车候车区设置在地下停车场及地面区域。

莆田站使莆田融入海峡西岸经济区的一条重要生命线，承载着莆田人民腾飞梦想的沿海大动脉，犹如一条气势如虹的钢铁巨龙，让莆田人民的百年夙愿成为现实。莆田站有力地推动湄洲湾港口城市持续提升、蓬勃发展，有力地推动海峡西岸经济区趁势而上、加快发展，有力地推动海峡两岸交流合作、繁荣发展，为促进祖国和平统一大业作出更大的贡献。（《湄洲日报》 评）

莆田站使妈祖故里莆田从此将彻底告别“手无寸铁”、没有铁路的历史，驶上加快发展的快车道。（东南网 评）