莫尔寺遗址长约300米，最宽处约170米，面积约4万平方米。西侧为近8米高的陡崖，陡崖下是洪积平原，恰克马克河从南面不远处流过。台地顶部为砂砾的地面，相对平坦，被一条东西向大冲沟分为南、北两半，其中南半部又被另一条小冲沟将最南端分隔为一个孤立的小台地。遗迹主要分布于台地的南半部和被小冲沟分隔出来的小台地上，其中清晰可见的有遗址中部的圆形莫尔佛塔和遗址最北端的方形佛塔。两塔之间，其他建筑已全部被毁，地表仅能见到数处残墙痕迹和零星散布的陶片。遗址上的寺院建筑沿台地西南侧陡崖边缘分布，自西北至东南依次布局方形塔、佛殿、僧舍和禅房等建筑群，圆形塔以及其南面小台地上推测为生活区房舍的建筑遗迹。所有建筑均以土坯砌筑，内外壁涂抹草拌泥，表面再涂白石灰面。

圆形塔即俗称的莫尔佛塔，现高约12米，耸立于台地西南侧约8米高的陡崖边缘，显得挺拔、壮观。该塔是一座以土坯砌筑的覆钵塔，由3层逐渐向上缩小的方形塔基、塔基上的圆盘、圆盘上的圆柱形塔身和最上部的覆钵形塔顶构成，塔顶上有内凹的方形小室。据英国“探险家”斯坦因百年前的观察，塔的表面原来涂有白石灰面，现已痕迹全无。莫尔佛塔是当地人依据它的外形流传下来的叫法，“莫尔”是烟囱的意思，圆形佛塔高约12米，也有人曾误将它认作古代烽燧。

方形塔位于遗址西北端，东南距圆形塔约60米，是一座四方形多层实心土坯塔。塔顶和四壁表面已全部毁坏，原来的形状和性质难以确定。从塔底坍塌堆积底部的厚层烧灰判断，此塔原应有某种木构设施，已被烧毁。

建筑群位于两塔之间，清理出由佛殿和僧房构成的大型建筑群，初步确定其中有佛殿3处，僧房两处，以及一些其他用途的房间。3处佛殿可分为两大类，一类是单室佛殿，共两处。这类佛殿是在室内砌四方形像台，像台和墙壁之间形成回廊，从而使整体结构呈“回”字形。

大佛殿位于方塔南面，西南紧靠僧房而建。大殿由中心主殿、两端配殿和配房以及门房构成，整体呈长方形，面朝东北，前面有庭院。此大殿是遗址中已发现最大的佛殿，仅中心主殿长就有近11米，宽近8米，殿内中部并立两根粗大的木柱，沿西南和西北两壁砌土台，殿内各处发现大量石膏佛像残块，也有很厚的烧灰层，显示是被烧毁的。主殿北侧邻接两个东西并排的配殿，其中靠西的配殿有门通主殿，中心砌像台，应为方形“回”字形佛殿。两个配殿内均出土大量佛像残块。南侧也有两个东西并列的房间，其中西侧的房间有3层地面，说明曾被反复修整和利用，房间内堆积大量碳灰，出土陶灯盏等遗物，可能为储物间。靠东的房间中心有一个圆形灶坑，有门通主殿和西侧储物间，可能是居住生活的房间。大殿正面中间开门，两侧各有一间门房，门前有步道通庭院。

僧房位于建筑群的东、西两侧，为单体多室建筑。两座建筑形制布局和朝向基本相同，均为平面长方形，坐西北朝东南，正门位于东南墙中央，门外有前院，建筑内6个房间呈左右对称布局，最里面的房间设置灶台或地窖。西侧的僧房建筑位于方形塔南面，靠近台地西部边缘。其东北墙与东北面大佛殿的西南墙紧贴相靠，从二者之间的白石灰分界面可知僧房的修建应早于大佛殿，又从有门通大佛殿推断，二者应同时存在过一段时间。僧舍正门外也有疑似前院的设施，北、西、东3面有墙，东墙利用大佛殿的西墙，南部被洪水冲刷形成的大坑破坏，不能确定是否有墙。

莫尔寺遗址出土陶、铜、石、木、钱币和石膏佛像等遗物标本和残件约3万件。包括石球、石磨、石盖，玉纺轮，陶罐、陶壶、陶盏、陶盆，铜钱，骨簪、骨针，木建筑构件、木梳、木篦、木碗、木陀螺，以及石膏佛像和棉、麻、毛、丝织物等残片。铜钱中不仅有开元通宝等年代明确的钱币，也有当地模仿中原钱币铸行的无字小钱等钱币。出土的1万余件石膏佛像残片，包括佛头、脸、头发、衣物、手、腿脚等部位，既有比真人更大的巨型佛像，也有仅数十厘米的小佛像，是佛教造像的一次重大发现。

莫尔寺遗址完整揭露寺院建筑布局，结合不同建筑朝向变化和打破、借用、避让关系，以及出土遗物特征和碳十四测年，揭示出寺院的演变规律和阶段性特征：至迟始建于公元3世纪中叶，约9世纪末10世纪初废弃。早期修建了山门大道和山门大殿，印度、中亚风格的覆钵塔和本地特征的独栋式僧房。中期约4~6世纪，增修塔里木盆地流行的回字形佛殿、厨房等建筑，构建出中心广场，方形大塔可能修建于这一阶段，但因独立于外且无连续地层，不排除更早或更晚的可能，佛教信仰从以舍利塔崇拜为中心向以佛像崇拜为中心转变，供奉的佛像形体较小。晚期约7~10世纪初，主要新修具汉传佛教建筑布局特征的佛殿、讲堂等建筑，殿内供奉2倍于真人大小的佛像。

莫尔寺遗址经过考古发掘，基本明确了遗址的分布范围和文化内涵，确定了寺院的总体布局和寺院建筑的类型和结构特点，寺院的发展和演变以及废弃的原因，是丝绸之路佛教考古的一次重要发现，为研究丝绸之路文化交流、佛教传播和佛教寺院变迁、佛教造像艺术演变和汉唐时新疆特别是喀什地区佛教信仰及寺院生活提供了重要的第一手材料。

2001年6月25日，莫尔寺遗址被中华人民共和国国务院公布为第五批全国重点文物保护单位。

莫尔寺遗址位于新疆维吾尔自治区喀什地区喀什市伯什克然木乡境内。

自驾：从喀什地区出发经迎宾大道—天山东路—伯什克然木西路—伯什克然木东路—莫尔寺遗址。