1988年9月，经进一步征求各有关单位意见后，初步设计补充方案完成并上报铁道部。10月，重庆客站综合站房初步设计正式通过审查鉴定。

1989年2月，重庆客站综合站房施设全面展开。9月18日，开工建设。

1992年7月1日，新建的候车楼、售票房正式启用。

2010年3月，国家发改委批准《新建成都至重庆铁路客运专线工程可行性研究报告》，确定成渝高铁线路自成都东站引出，经四川简阳、资阳、资中、内江，经重庆荣昌、大足、永川、璧山至重庆站。

截至2015年12月26日成渝高速铁路开通运营，重庆站尚未启动改扩建。

2018年10月，《重庆站综合交通枢纽规划方案国际咨询公告》发布，重庆站面向全球征集方案。

2019年1月，重庆规划和自然资源局披露，中国建筑设计研究院有限公司为《重庆站综合交通枢纽片区规划方案国际咨询》的签约设计机构。

2019年11月18日，成渝铁路重庆站至江津段改造工程建设正式启动（计划2022年投入使用）。

2020年6月20日，重庆站推广实施电子客票。

2022年6月15日，中国国家铁路集团有限公司发布消息，6月20日零时起，全国铁路实行新的列车运行图。12306网站显示，调图后，重庆站(菜园坝火车站)已无后续运行列车。

2022年9月29日，重庆站改造工程取得批复。

2023年内，重庆站力争实现开工。

重庆站站房以客运为主，集住宿、餐饮、购物、娱乐等多种功能为一体。 候车室分发车方向对应线路设置，采用开敞通廊分配客流，上进下出，流线简明，建筑造型富有动感，姿态挺拔，成为城市门户的标志。

重庆站总占地面积25万平方米（截至2010年9月），总建筑面积12.55万平方米（据2020年2月重庆城市综合交通枢纽集团官网显示），站房建筑面积51464平方米，站房总高度83.6米（截至2013年6月）。截至2013年6月，重庆站结构设计按七度抗震设防，高层建筑采用钢筋混凝土框剪结构，候车楼采用大开间柱网框架结构。钢筋混凝土空心挖孔灌注桩及旋喷桩基础。设有广播、通信、电视监控、旅客导向、自动检测系统，并采用双电源各自独立供电方式。

据2020年2月重庆城市综合交通枢纽集团官网显示，重庆站布局为纵列式，分为到发场、交接场、调车场。

截至2013年6月，重庆站站房地上设有23层、地下2层。其中一层中部为出站大厅，面向站台；北面则为售票厅，另外还设有软席、团体、母子候车室等设施。主候车室位于站房2层，为半高架式布置，分为成渝、川黔、襄渝三个候车区。

据2020年2月重庆城市综合交通枢纽集团官网显示，重庆站站场规模为4台7线，途经线路为成渝铁路和川黔铁路。

据2020年2月重庆城市综合交通枢纽集团官网显示，重庆站日均发送量约6800人次。

2024年暑运自7月1日开启，8月31日结束，共62天。今年暑运，重庆火车站预计发送旅客1450万人次，日均发送23.4万人次，同比增加81.1万人次，增幅5.9%。客流最高峰日预计发送26万人。

截至2024年7月31日，重庆火车站暑运共计发送旅客690万人次，日均发送旅客22.3万人次。其中，最高峰日为7月6日，全站发送旅客26.7万人次。

2024年10月1日，重庆火车站全站累计发送旅客32.2万人次，超过了今年五一小长假首日（5月1日）创下的30.8万人次的旅客发送纪录。

截至2019年5月，途经重庆站的轨道交通线路为重庆轨道交通1号线和重庆轨道交通3号线，设两路口站。

截至2019年5月，途经重庆站的公交线路共有17条，分别为重庆公交108路、重庆公交112路（外环）、重庆公交115路、重庆公交120路、重庆公交125路、重庆公交207路、重庆公交210路、重庆公交318路、重庆公交319路、重庆公交325路、重庆公交347路、重庆公交414路、重庆公交419路、重庆公交429路、重庆公交503路、重庆公交606路、重庆公交618路。

截至2019年5月，重庆汽车站位于重庆市渝中区菜袁路6号（重庆站旁），属于一级车站，主要发川西方向成渝沿线、贵州方向和部分超长线班车。

宜宾、自贡、隆昌、广安、泸州（高速）、泸州（渝永）、达州、赤水、绵阳、富顺、习水、射洪、威远、道真、叙永、乐山、三台、长宁、遵义、遂宁、荣县、筠连、眉山、毕节、成都、南溪、犍为、江安、务川、雅安、贵阳、福州、永善、景洪、普洱、昭通、昆明、文山、攀枝花、合肥、南阳、南宁、仁寿、临沂、三亚、温州

永川、荣昌、大足、合川、潼南、金山、双桥、南川、永嘉、万古、金佛山、水江、松溉、朱沱、望川、巫山（红叶）、崇龛、安居、大足石刻

1993年，获得了中华人民共和国铁道部优秀设计二等奖。

据2020年2月重庆城市综合交通枢纽集团官网显示，重庆站改造工程项目为原址改造，项目用地大部分属于铁路用地，权属范围包含原站房、站前广场、站台设施、存车线设施等。按照铁总经规院推荐预可研设计方案，改造后的重庆站将新建到发线8条（含正线2条），中间站台4座，到发场南侧预留1台1线，计划引入成渝客专、渝湘高铁，接入黄茅坪支线，同时对既有成渝线进行改造。此外，渝昆高铁经沙坪坝站可接入重庆站，重庆至城口城际铁路、渝万客专经重庆东站可接入重庆站，预计未来日均发送量约38000人次。

重庆站也称菜园坝站，是重庆最老的火车站之一，承载着老重庆人的记忆，记录过老山城的繁华，见证着重庆的发展。（华龙网 评）

重庆站综合交通枢纽，主要包括铁路重庆站及其配套的轨道、公交、长途客运等交通设施，是成渝高铁的重要过站式枢纽，也是重庆市构建“米”字型高速铁路的关键节点，对主城中心区客流集散，城市功能对外辐射具有重要作用。将高起点规划、高标准建设重庆站及其周边区域，建成系统配套、一体便捷、站城融合的现代化综合交通枢纽。（华龙网 评）

在2006年10月22日龙头寺的重庆北火车站启用后，重庆火车站的功能逐渐被取代。截至2010年9月，重庆火车站每天承担的客运任务是28对列车，主要方向是川黔线、湘渝线、成渝老线等，其繁忙程度，已低于重庆北火车站。（人民铁道网 评）

重庆站位于长江北岸、地形局促狭长，是重庆主城九区主要铁路客运站之一。（重庆城市综合交通枢纽（集团）有限公司 评）

2024年6月21日，从中国铁路成都局集团有限公司重庆车站(以下简称“重庆火车站”)获悉，受多地暴雨影响，截至当天12时，重庆火车站已停运列车32趟。据悉，这停运的32趟列车中，涉及重庆北站21趟、重庆西站11趟。涉及始发列车10趟、终到列车15趟、途经列车7趟，主要为广州、贵州、秀山等方向。

2024年6月27日，受部分地区强降雨天气影响，截至目前，重庆火车站停运列车共计65趟，其中，重庆北站49趟、重庆西站16趟。

2024年6月30日，重庆火车站发布消息称，受部分地区强降雨影响，为确保旅客列车运行安全和旅客出行安全，铁路部门决定停运途经相关区段的列车。

停运的列车具体如下——

Z258次（重庆北—上海南）

K1256次（重庆北—成都西）

K986次（重庆西—西宁）

K142次（重庆西一成都西）

K872次（重庆西一成都东）

K692次（重庆西一呼和浩特东）

K988次（重庆西一昆明）

K144次（重庆西一南宁）

K874次（重庆西一湛江）

K691次（重庆西一昆明）