全书共收短论167则,涉及古今中外哲学学说，其中大量篇幅论述佛教唯识宗哲理，并与孔子、庄子的思想互相参证。文中认为“文、孔、老、庄是为域中四圣，冥会华梵,皆大乘菩萨也”，主张对“凡古近政俗之消息,社会都野之情状，华梵圣哲之义谛,东西学人之所说”,都应平等相视,融为一体。章太炎的这种思想,同他反对以今废古、以西贬中，要求根据中国的历史传统来建立中国的政治制度有关。但在新文化运动兴起之时，章太炎却鼓吹佛教和庄子的齐物思想，落后于历史潮流。《菿汉微言》最后一则是章太炎的自述，对他的思想发展加以总结。他说：“自揣平生学术，始则转俗成真，终乃回真向俗”。他认为，早年信仰荀子和韩非到崇奉佛教理论，这是“转俗成真”；后来，他以佛解庄，以为庄子思想与佛教相合，又以庄证孔，自称已悟解了孔子所说“耳顺”、“绝四”的真义，因而对他自己过去批判孔子进行忏悔，这就是所谓“回真向俗”。反映了章太炎思想中的矛盾。他对此曾坦白地指出:“佛法虽高,不应用于政治社会，此则惟待老庄也。”本书还有若干则论述医道、天文历法、数学、声学、古建筑、语音声韵等问题。