萌系漫画指一类其角色（尤其女性角色）以萌系人物为主的漫画，意即这类的漫画里面的人物经常带有被认为萌的特征，而这类的漫画通常亦以“萌系角色”为其主要卖点，萌系漫画一般而言较偏男性向，且有时其内容针对特定族群（如萝莉控）而设定，有些萌系漫画让某些人认为毫无内容可言，但对此类作品创作者及消费者来说可爱就是正义，即只要角色可爱，就算是不具深度的消费性产品仍能引起风潮。而且会吸引很多人的关注。比如鬼小妞，萌小希等。

另一方面，在近年来，不论是否为萌系的漫画，人物做成萌系的设定的是越来越多了，但是比起其他的漫画，萌系漫画对依旧比其他类型的漫画更侧重萌的一面。