在神户大空袭中，母亲身亡，参军的父亲杳无音信。清太和小妹妹节子不得不去远房亲戚家寄居。阿姨待他们很不好，忍无可忍的清太带着节子离家出走，两人在郊区的防空洞里栖身。战况不断恶化，兄妹俩失去了生活来源。因为营养失调，节子越来越瘦，清太竭尽全力守护妹妹。 1945年8月15日，日本宣布无条件投降。战争结束了，成为孤儿的清太和节子的生命之火也犹如萤火虫的微光即将熄灭。

真人版电影《萤火虫之墓》以不同于动画版《萤火虫之墓》焕然一新的面貌在大银幕上展开。色调灰暗，气氛悲凉的电影画面，再现了1945年夏天的景象。清太和节子就像是卖火柴的小女孩一样，只能在漫天的萤光虫中追逐那点美丽的萤火而已，但最终这两个孤儿的生命之光也犹如萤光虫的微光旋即熄灭。