天嘉三年，萧允被征召担任太子庶子。高宗即位后，升为黄门侍郎。

天嘉五年，萧允到地方上担任安前晋安王的长史。天嘉六年，又入朝担任光禄卿。萧允性情敦厚持重，从不计较功名利禄。等到晋安出去镇守湘州，又再三要带他去上任。萧允年少时就与蔡景历很要好，蔡景历的儿子蔡征对他很敬重，听说萧允要远行，于是到萧允那儿拜访，说：“您的年纪和德行都很高，是国家的元老，只需从容坐镇，每天到朝中列位就是了，又何必在外奔波操劳呢？”萧允回答说：“已经答应了晋安王，怎么能失信？”他对于功名利禄就是这样淡泊。

至德三年，萧允被授予中卫豫章王的长史，累迁通直散骑常侍、光胜将军、司徒左长史、安德宫少府。鄱阳王出镇会稽，萧允又担任长史，兼会稽郡丞。陈后主曾经问蔡征说：“您世代和萧允深交，他的志操怎样呢？”蔡征说：“萧允清高淡泊的志操，深远微妙，是不可测知的，至于他的文章辞采，能有所了解，可以说一说。”于是就在陈后主面前吟诵萧允的诗篇，陈后主为之嗟赏良久。这一年，萧允担任光禄大夫。

到了隋朝的军队渡江后，萧允迁居到关右。当时旧朝之士到长安的，按例都授以新朝的官职，唯独萧允与尚书仆射谢伷以年老多病辞官，隋文帝欣赏他们的义节，并赏赐了丰富的钱帛。不久，萧允因病在长安去世，时年八十四。

《陈书·卷二十一·列传第十五》：

萧允，字叔佐，兰陵人也。曾祖思话，宋征西将军、开府仪同三司、尚书右仆射，封阳穆公。祖惠蒨，散骑常侍、太府卿、左民尚书。父介，梁侍中、都官尚书。允少知名，风神凝远，通达有识鉴，容止酝藉，动合规矩。起家邵陵王法曹参军，转湘东王主簿，迁太子洗马。侯景攻陷台城，百僚奔散，允独整衣冠坐于宫坊，景军人敬而弗之逼也。寻出居京口。时寇贼纵横，百姓波骇，衣冠士族，四出奔散，允独不行。人问其故，允答曰：“夫性命之道，自有常分，岂可逃而获免乎？但患难之生，皆生于利，苟不求利，祸从何生？方今百姓争欲奋臂而论大功，一言而取卿相，亦何事于一书生哉？庄周所谓畏影避迹，吾弗为也。”乃闭门静处，并日而食，卒免于患。

宋书侯景平后，高祖镇南徐州，以书召之，允又辞疾。永定中，侯安都为南徐州刺史，躬造其庐，以申长幼之敬，天嘉三年，征为太子庶子。三年，除棱威将军、丹阳尹丞。五年，兼侍中，聘于周，还拜中书侍郎、大匠卿。高宗即位，迁黄门侍郎。五年，出为安前晋安王长史。六年，晋安王为南豫州，允复为王长史。时王尚少，未亲民务，故委允行府州事。入为光禄卿。允性敦重，未尝以荣利干怀。及晋安出镇湘州，又苦携允，允少与蔡景历善，景历子徵修父党之敬，闻允将行，乃诣允曰：“公年德并高。国之元老，从容坐镇，旦夕自为列曹，何为方复辛苦在外！”允答曰：“已许晋安，岂可忘信。”其恬于荣势如此。

宋书至德三年，除中卫豫章王长史，累迁通直散骑常侍、光胜将军、司徒左长史、安德宫少府。镇卫鄱阳王出镇会稽，允又为长史，带会稽郡丞。行经延陵季子庙，设萍藻之荐，托为异代之交，为诗以叙意，辞理清典。后主尝问蔡徵曰：“卿世与萧允相知，此公志操何如？”徵曰：“其清虚玄远，殆不可测，至于文章，可得而言。”因诵允诗以对，后主嗟赏久之。其年拜光禄大夫。

宋书及隋师济江，允迁于关右。是时朝士至长安者，例并授官，唯允与尚书仆射谢伷辞以老疾，隋文帝义之，并厚赐钱帛。寻以疾卒于长安，时年八十四。弟引。