统和初，皇太后萧绰临朝称制，萧图玉因系外戚，得以入宫侍卫。不久，担任乌古部都监。讨伐速母缕等部立有战功，迁为乌古部节度使。统和十九年（1001年），总领西北路军事。统和二十五年（1007）以西北路招讨使击破阻卜。统和二十七年（1009年），统率本路兵马讨伐甘州回鹘，收降其酋长牙懒。不久牙懒又反叛，辽圣宗命萧图玉征讨，攻克肃州，将当地百姓全部迁至土隗口旧城。班师回朝后，萧图玉奉旨娶金乡公主，成为驸马都尉，加同政事门下平章事。

图玉上奏说：“阻卜现在已经顺服归化，应当将它们各自分列为部，派节度使治理。”圣宗听从了他的建议。此后，由于节度使往往用非其人，部民们怨恨而意图反叛。开泰元年（1012年）十一月，石烈太师阿里底杀害其节度使，向西逃奔窝鲁朵城，也就是古时所说的龙庭单于城。不久，阻卜又反叛，将萧图玉包围在可敦城，气焰十分嚣张。萧图玉派各路军一齐射退敌军，屯驻于窝鲁朵城。次年（1013年），北院枢密使耶律化哥领兵前来救援，萧图玉派人劝诱诸部一齐投降。圣宗鉴于萧图玉初时虽然失策，后来却得人心，所以赦免了他，让他仍旧统领诸部。萧图玉请求增加兵员，圣宗下诏责备他说：“反叛的人既已归服，兵马何必再行增加？况且前次作战，死伤甚多，如果听你的谋划，边境战事何时才会平息？”萧图玉于是作罢。