建中元年（780年），正月己巳，辞让宪官头衔，获得准许。不久，改授为同州刺史。同州遭遇旱灾，百姓处在饥饿之中，萧复私用同州境内的京畿观察使储粮赈济灾民，被削阶、停止刺史职务。萧复的朋友赶来安慰他，但萧复怡然说：“如果有利于百姓，怎么敢害怕小小的惩罚！”（《新唐书》记为“如果有利于百姓，有什么责任可以推辞！”）

建中三年（782年）七月，甲午，拜兵部侍郎。

建中四年（783年），德宗以普王李谊为襄汉元帅率军讨伐李希烈，以萧复为户部尚书、统军长史。按照旧制度，统军长史原名“行军长史”，但萧复之父名萧衡，故而德宗下诏将“行军”更改为“统军”。

未行，泾原兵变爆发，德宗仓皇逃往奉天，萧复和文武官员跟随扈驾。德宗嫌弃奉天狭窄鄙陋，准备前往凤翔依靠张镒。萧复听闻立刻面见德宗说：“陛下大误！凤翔大多都是朱泚的旧兵，如今朱泚叛乱，凤翔一定有与其同谋者。臣尚且担忧张镒，又岂能以圣驾踏上不测之渊！”德宗说：“我已经决定了，但我会停留一日来验证你说的话。”次日，张镒被李楚琳所害。同年十月，丁巳。朝议大夫、守户部尚书兼御史大夫充荆襄江西等道都元帅统军长史、丰县开国公、赐紫金鱼袋萧复被任命为吏部尚书、同中书门下平章事。萧复和刘从一、姜公辅二人同时成为宰相。

德宗打算将军权委任宦官，萧复反对道：“国家艰难以来任用宦官为监军就已经宠信过度。这些人只能管理内廷事务，不能参与军机要事。”德宗不悦，请别对，萧复又继续说：“陛下刚继位时，圣德光辉照耀，自从起用了杨炎、卢杞，他们亵渎了朝政才导致如今的局面。如果陛下能够改变之前的做法，臣怎么敢不竭力？倘若让臣阿谀奉承、苟且偷生，臣实在不能。”

后卢杞与萧复在德宗面前对奏，卢杞谄媚德宗，萧复正色说：“卢杞言辞不正！”德宗愕然，对左右道：“萧复轻视朕！”

兴元元年（784年）正月，丙戌。德宗以萧复为门下侍郎、同平章事。戊子，派遣萧复前往山南、荆南、湖南、江西、鄂岳、浙江东西、福建等道宣慰。实际上，这是德宗疏远了萧复。

就在萧复准备前往江淮时，刘从一等人奏请留下萧复。德宗对陆贽说，当初准备挑选一位官员前往江淮宣慰，宰相们都觉得萧复久任外州刺史，在列位宰相中最具名望，是最合适之人。本来已经商量好了，萧复也没意见。可是现在刘从一等人又请求留下萧复，德宗怀疑这是萧复不肯前往江淮，而指使刘从一等人上奏。陆贽向德宗解释道，他寄居常州时就与萧复认识，双方时常往来，彼此之间的志趣投合。萧复既是高门贵胄，又是皇室姻亲。因此他更加地砥砺名节，仰慕清白的操守。他以魏元忠、宋璟为榜样，希望尽善尽美地完成每一件事情。他是绝不会做出反复无常、奸诈狡猾的事情。即使真的是萧复的意思，以刘从一的性格绝不会附会。而最初举荐萧复为宣慰使的就是刘从一等人，如今要留下萧复的又是刘从一等人，彼此矛盾，必定有原因。如果萧复有所请求，刘从一不会为其隐瞒。如果刘从一心怀叵测，那么萧复不应该受到怀疑。在陆贽的解释下，萧复得以顺利前往江淮宣慰。

同年二月，德宗听信卢杞谗言，将前来救驾的朔方节度使李怀光逼反，只能再次逃往梁州。梁州偏僻闭陋，运输物资很不方便。在江淮的萧复派遣奏事官李充前去劝说德宗驾幸江陵，但德宗向陆贽表示他和刘从一都不明白萧复的意思，德宗又怀疑李充并非纯良之人。陆贽再次为其辩解，他认为萧复请求驾幸江陵，就像张延赏奉迎于西川，韩滉望幸于东吴都是臣子常情，古今通理。而李充是故福建观察使李椅之子，颇有才能。德宗责怪萧复不知大体，刚好福建观察使孟皞年老，欲以萧复代替他（将萧复就地免职）。陆贽认为萧复是奉旨宣慰，若是半途停止会令江淮百姓失望。

最初淮南陈少游依附李希烈，而张镒的判官韦皋杀邠陇叛卒，不响应李楚琳。萧复在完成宣慰江淮的任务后回到京城，与宰相们同对讫。萧复单独留下来向德宗建议道：“陛下自返宫阙，勋臣都已经得到奖赏，只有存善去恶做得还不明显。陈少游位居将相，臣服叛军。而韦皋官职卑下，却正直忠烈。如果能够以韦皋代替陈少游，那么天下人都会明白顺逆的道理。”德宗同意了。萧复出来和宰相李勉、卢翰、刘从一同归中书省，中官马钦绪向刘从一作揖，附耳语，诸位宰相各自归阁。随后，刘从一秘密对萧复说：“有诏让我来与您商量之前所奏的事情（让韦皋代替陈少游），不要让李勉、卢翰知道。”萧复对刘从一说：“刚才在陛下面前议论时，也听说了这个旨意，只是尚未明白陛下的意思。已经当面陈述，陛下还是如此，我不敢再言这件事情。”又继续说：“唐、虞有佥曰之论，朝廷政事应该和公卿共同商议。如果李勉、卢翰不称职，就将他们罢免。既然是宰相，理应一起商量，为什么要单独避开这一环节？今日也许可以这样做，只是担心逐渐形成风俗，这是朝政最大的弊端。”于是，萧复没有告诉刘从一之前所奏的内容。刘从一上奏德宗，德宗更加不悦。十一月，乙丑。萧复命中书舍人齐映代自己三上章请求辞职，被罢为太子左庶子。

萧复之弟萧升早卒，郜国公主以“奸蛊”的罪名被废黜封号，公主之子都被放逐偏僻之地。太子李诵请求和公主之女，即萧升女、萧复侄女太子妃萧氏离婚。德宗依然记恨萧复，以为检校左庶子，废居饶州。

贞元四年（788年），卒于饶州贬所，时年五十七岁。

萧复门阀高贵，却砥砺名节，从不逢迎流俗。在担任宰相期间，端庄严肃，数次违逆皇帝的意思，故居宰相之位不久就被免职。然而萧复的性格孝顺友爱，他与亲人处得很和睦。此次受牵连被贬官，却处之泰然，从未抱怨过。

大中初年，唐宣宗下诏访求萧复等人的画像，续图凌烟阁。

刘昫：①张镒、萧复、柳浑，节行才能玗谟亮直，皆足相明主，平泰阶，而卢杞忌之于前，延赏排之于后，管仲有言：“任君子，使小人间之，害霸也。”德宗黜贤相，位奸臣，致朱泚、怀光之乱，是失其人也，岂尤其时哉！②得人则兴，失人则亡。镒、复、浑去，宗社其殃。

宋祁：梁萧氏兴江左，实有功在民，厥终无大恶，以浸微而亡，故余祉及其后裔。自瑀逮遘，凡八叶宰相，名德相望，与唐盛衰。世家之盛，古未有也。

韦骧：面排卢杞兴言佞，背沮刘公受旨私。真相不知知彼相，便容辞疾守闲司。

苏辙：楼成始觉江山胜，人去方知德业尊。

王巩：卢杞奸邪四海忧，相君邦国自同休。分符朝去云中阙，开府现来江上洲。百尺楼高瞻故国，九华山色倚晴眸。定知直道传千古，杜牧文章在上头。

参见《旧唐书卷一百二十五 列传第七十五》《旧唐书卷一百七十二 列传第一百二十二》《新唐书卷一百一 列传第二十六》《新唐书卷七十一　表第十一　宰相世系一 (萧氏)》

萧俭

萧湛：早逝，常州义兴主簿。

萧寘，唐懿宗宰相。

萧遘：唐僖宗宰相，官至司空，封楚国公。

萧蘧：历仕唐、后梁、后唐、后晋四朝，官至户部尚书，追赠右仆射。

池州有萧丞相楼，亦称萧相楼。大历十年（775年），萧复为发展池州文化和更加方便处理政务，在池州刺史府衙的西北角修筑一栋木楼，上藏《九经》书，下为刺史便厅室。由于萧复在池州实施仁政，百姓感念恩德，遂称此楼为萧丞相楼。