萧子恪在永明年间获封南康县侯。十二岁时，萧子恪和从兄司徒、竟陵王萧子良写下《高松赋》，卫军将军王俭看到觉得惊奇；他最初担任宁朔将军、淮陵太守，建武年间迁任辅国将军、吴郡太守，同时找来沈约和孔珪学习。大司马王敬则在会稽造反，声称拥立萧子恪为帝，他却弃郡逃亡；始安王萧遥光劝齐明帝趁这机会诛杀齐高帝和齐武帝的子孙，明帝就召来萧子恪和竟陵王萧昭胄的兄弟亲属等七十多人到永福省，令太医煮熟二斛椒，同时预先制造数十具棺材，向舍人沈徽孚说：“椒熟的时候赐死他们。”期待在到三更杀害他们。明帝暂时睡下，主书单景隽请求依旨杀死诸侯，沈徽孚坚持要再看形势。三更天，萧子恪赤脚跑到建阳门，明帝惊醒，得到沈徽孚、单景隽的回答，抚床说：“萧遥光几乎误了人事。”于是哭着与萧子恪相见，赐诸侯饭菜，还任萧子恪为太子中庶子。东昏侯萧宝卷即位，他迁任秘书监，领授右军将军，不久改官侍中；中兴二年（502年）转任辅国咨议参军。