建武元年十一月庚辰（494年12月22日），封江夏王。出任征虏将军，领石头戍事。同月壬辰（495年1月3日），改任持节、都督郢、司二州军事、西中郎将、郢州刺史。永泰元年（498年），还任征虏将军，领石头戍事。后进号镇军将军。

永元元年八月己未（499年9月6日），进号车骑将军，改任使持节、都督南徐兖二州军事、南徐、兖二州刺史。

萧宝玄娶尚书令徐孝嗣的女儿为妃子，永元元年十月乙未廿三（499年12月11日）徐孝嗣被杀后，两人被迫分离，断绝关系。东昏侯送给萧宝玄两位年轻的姬妾，萧宝玄由此怨恨东昏侯，意图取而代之。

明年，崔慧景起兵，回到广陵，派遣使者去见萧宝玄，表示要奉立他为皇帝，萧宝玄斩掉了前来的使者，并且发动将士们守城，东昏侯派遣马军主戚平、外监黄林夫协助萧宝玄镇守京口。崔慧景将要渡江之时，萧宝玄秘密与他联络，与他响应合作，杀死司马孔矜、典签吕承绪以及戚平、黄林夫，开门迎接崔慧景。并派长史沈佚之、谘议柳恺分别带领部分军众，萧宝玄乘坐八抬大轿，手拿红色指挥旗，随同崔慧景来到京都，驻扎在东城，有很多百姓前去投奔他们。