1912年被选送美国留学，获加利福尼亚大学经济学硕士学位。归国后先后任国立东南大学、建国法商学院、国立北京大学教授，北京女子大学、东北大学教务长，南京国立第四中山大学社会系主任。1933年任江西省政府委员兼省经济建设委员会主任委员。抗战期间任省农业院院长，主持省督导粮食增产委员会工作。为促进江西农业发展，引进国内外农、林、牧优良品种，开办各种试验场等。1941年“皖南事变”发生后，陈毅受命重整新四军，缺乏粮饷，找到萧纯锦寻求帮助。他不顾安危，尽可能满足陈毅的要求，并护送陈毅安全离去。1947年，南昌大学生为反饥饿、反迫害上街游行，与国民党军警发生冲突，萧纯锦特地去医院看望被军警打伤的学生，引起国民党政客不满，受到排挤，于1948年离任赴上海，任诚明文学院商学系主任、大同大学教授。新中国成立后，任上海贸易学院、上海复旦大学教授、上海市政协委员。“文化大革命”中受迫害逝世。