萧良有五岁习 《周易》，十一岁为郡诸生，十五岁乡试中举。后数次考试不第，志在得元。与其弟萧良誉游学南监，追随名师，潜心制义。萧良有在都会游学十五年，期间结识祭酒许文穆、翰林院修撰焦鋐、光禄大夫邹观光、主事刘廷兰等人。萧良有文采斐然、才识过人，一时名噪都会。万历八年 （1580），三十岁的萧良有参加庚辰会试夺得会元，殿试廷对第二，居张懋修榜第二名，授翰林院编修。萧良有的第一个职位为翰林院编修，正七品。因纂修 《会典》 有功，于万历十二年 （1584） 晋升为翰林院修撰，从六品。主要负责为掌修国史、实录，记载皇帝言行，进讲经史以及草拟有关典礼的文稿等事。萧良有任翰林院修撰时恪尽职守，识才爱才。他多次任乡试主考官，选拔贤俊达数百之众，其中孙承宗、朱国祯、孙慎行、陈道亨、张辅之等人以文行著称。萧良有为人谨饬，温厚有儒者之风，深得万历皇帝赏识，在三年内得到两次提拔。据 《康熙汉阳府志》 载：辛卯 （1591），升中允，管司业事。壬辰 （1592）八月，进洗马，充日讲官。癸巳 （1593），迁谕德，兼侍读，编纂奏章”。两年后万历皇帝再拔萧良有为国子监祭酒，从四品。万历皇帝在位期间发生了历史上著名的“国本之争”。万历皇帝不喜欢由宫女所生的长子朱常洛，而有意立郑贵妃所生的朱常洵为太子，当时朝廷官员发生重大分歧，形成了支持朱常洛和支持朱常洵的两个派别，并发生了激烈的争论。萧良有依从古制，坚决主张册立长子朱常洛为太子。万历二十一年 （1593），时任首辅王锡爵不顾群臣反对，顺从了万历皇帝提出的“三王并封”谕旨，拟旨布告天下。萧良有不顾个人安危坚持进谏，以 《会典》 条例力诤时任首辅王锡爵，称王锡爵不顾国本同意万历皇帝“三王并封”的乃谀君之举，又联合词林众人坚持力诤。最后王锡爵向皇帝上疏自劾，请求罢免。万历皇帝最后也迫于群臣压力放弃了“三王并封”想法。萧良有在职时对时政多有指摘，招致朝廷部分大臣的不满，万历二十三年 （1595）萧良有被给事中叶继美弹劾越职言事，有侵六部之权。明朝晚期，党争激烈，厌倦了官场斗争的萧良有上诏乞归，万历皇帝批准萧良有回原籍，次年萧良有致仕归乡，自是不复诏。萧良有自万历八年（1580） 入翰林院编修到万历二十四年 （1596） 年致仕归乡，在职共十五年。