1913年10月，袁世凯以暴力胁迫手段，得任正式大总统，萧愤而去职，赴上海领衔通电反袁。后东渡日本，任孙中山私人秘书。1914年任中华革命党党务部第二局长，并入日本东京政法学校进修。次年，与日女林馥子结婚。1916年随孙中山回上海，次年随孙南下护法，任大元帅府秘书，参入机要。1923年孙中山成立陆海军大元帅大本营，任大本营秘书兼监印官。与大元帅行营参谋长蒋介石不合，离职赴“南京内学院”从欧阳竞无研究佛学。

1926年至1930年，先后出任湖北省政府秘书长、建设厅长、省政府代理主席，国民政府监察院监察员。1940年全家迁至香港，日寇进占香港后，指使汉奸劫持到台湾，迫其与驻台总督商谈中日停战事，以死相抗，日驻台总督他往，他乃返港。1942年，举家逃回内地，流落广西瑶山地区。抗战胜利后，任国民政府顾问，曾向蒋介石上书，反对内战。淮海战役期间，写信劝蒋和谈。1949年蒋介石“引退”，邀往游奉化、劝其去台，萧托故不往。曾先后三次营救被捕中共党人。建国后，1950年受聘为上海市文物管理委员会特约顾问。1955年1月在上海逝世。