1949年8月毕业于湖南国立师范学院附属中学，同年考入北京大学史学系，受教于郑天挺、邓广铭、张政烺、阴法鲁、杨人鞭等名师。

1953年毕业留校任教后，历任北大马列主义教研室主任、政治学与行政管理系系主任，兼任中国李大钊研究会理事、中国斯诺研究中心研究员、中共党史学会理事、北京市中共党史学会副会长、中国蔡元培研究会总干事、副会长等职。

曾多次赴国外讲学，被美国加州大学圣巴巴拉分校聘为客座教授。萧超然同志长期致力于中国近代史、中国革命史、中共党史和中国政党与政治的教学与研究，积极倡导和发展以北大校史研究为基点的五四新文化、马克思主义传播和中国共产党创建等专门性研究。

在任北京大学政治学与行政管理系首任系主任期间，主持并开创性地推进了北大马列主义政治理论课教学和北京大学政治学学科体系的发展。