南齐建武末年兄长萧颖胄行荆州事，萧颖达为西中郎外兵参军，屯驻江陵。500年（永元二年）十月，萧宝卷派遣刘山阳为巴西郡太守，送密敕命萧颖胄讨伐雍州刺史萧衍。萧衍在襄阳准备起兵，派遣王天虎劝说萧颖胄。刘山阳不敢在荆州入城。萧颖胄夜间召部下席阐文、柳忱商议。席阐文建议斩刘山阳，跟随萧衍一起起兵，拥立荆州刺史南康王萧宝融为帝。柳忱同样劝说，萧颖达也赞同，萧颖胄同意。萧颖胄斩王天虎以示刘山阳，刘山阳大喜，率数百人进入江陵。席阐文在门上伏兵，刘山阳跨门槛将他擒杀，首级送给萧衍。把拥立南康王之议告知，萧衍同意。

502年（天监元年），南梁建立，萧衍即位为梁武帝，萧颖达加散骑常侍。因公事件免官，论功行赏，封吴昌县侯。转任侍中，改封作唐县侯。后转任征虏将军、太子左卫率。再任卫尉卿，出任信威将军、豫章郡内史，深表不满。参加华林宴，沈约劝酒时，他大骂沈约为“老鼠”，満座惊愕。武帝说“汝是我家阿五”，萧颖达哭泣。转任使持节、都督江州诸军事、江州刺史，赴任后饮酒不问州事。召还受位通直散骑常侍、右骁骑将军。御史中丞任昉弹劾萧颖达贪污受贿，武帝对萧颖达进行宽容。