萨克森莱比锡前身可追溯到1899年成立的不列颠莱比锡足球俱乐部（Britannia Leipzig），随后俱乐部进行过数次合并。

俱乐部曾在1951年和1964年两度捧得东德联赛冠军。但1966年取得东德杯冠军后，俱乐部成绩出现了波动。时常降入乙级联赛。1990年两德统一后，俱乐部进行了再编。2006年德国世界杯时，球队的球场中央球场是世界杯的举办场地之一，也是德国世界杯一个位于前东德的场地。2009年3月，俱乐部宣布破产（俱乐部的第一次破产是在2001年），因而遭到了降级。