于是，被驱逐到中亚最北部和南西伯利亚的乌兹别克人，一直企图杀回中亚复仇。他们一方面继续保留着传统的蒙古-突厥习俗，一边通过引入伊斯兰教来强化自己的社会组织。最后，在强人昔班尼汗的策动下，开始了轰轰烈烈的南下大反扑。

当时，包括巴布尔在内的众多帖木儿系王公们，都已经适应了本地的波斯-突厥化生活。早在帖木儿时代，这位具有蒙古人血统的暴君就主动同蒙古人划清界限，并宣布自己是中亚波斯文化的保护者。尽管麾下人马有不少来自牧区部族，但帖木儿系的核心还是各地区内的绿洲大都会。这就让双方的冲突，实际上成为了两种生活、生产模式的较量。

1500年，昔班尼汗麾下的乌兹别克军队攻陷了河中大城--布哈拉。至此，这位让中亚所有军阀都害怕的苦主，开始正式自己对河中绿洲区的征服。由于早年就曾在阿斯特拉罕和蒙兀儿斯坦等地活动，他的见识和能力都超过了普通首领。而恢复生气的乌兹别克人，也远比蜗居在各城市的帖木儿后裔要强。

第二年，他又占领了帖木儿生前重点营建的首都--撒马尔罕。尽管在帖木儿死后，当地的政治地位已经在很大程度上让位于南方的新都赫拉特，但仅仅依靠本身所辐射的农田、果园、牧场和商路，就足以为任何强者提供足够的资源。因此，几位帖木儿系的王公开始联合起来对抗昔班尼汗。其中就有年仅19岁的费尔干纳军阀--巴布尔。

早期1497年，巴布尔就已经成功入驻撒马尔罕。但就和当时所有的中亚军头一样，他很难长期保有自己的胜利果实。因为撒马尔罕在经历了帖木儿时代的优惠政策包养后，实际上成为了一个被解除武装的城市。相比其他地方都还存在的民兵组织，撒马尔罕的市民以对军事技能无知而闻名。极其扩大的城市规模，则非常不利于防御者合理部署兵力。因此，很多军头可以通过围困制造饥饿或突袭手段，轻易夺取城市的控制权。转眼又因为人力不足而被下一波人驱逐。

所以，巴布尔虽然更受撒马尔罕市民的青睐，但毫无能力保住城市本身。他的军队通常由来自费尔干纳老家的少数附庸担任核心，再以赏赐或雇佣等手段获得其他任何有志者的效忠。一旦财源出现困难，军队很容易分崩离析。为此，巴布尔在平日里也不敢保持太大规模的武装，通常以数百人和千人规模活动。因为撒马尔罕虽然还是地区内的大都会，但已经受到贸易量萎缩的影响，经济实力大不如前。在很大程度上，已经类似一个勉强自给自足的绿洲孤岛。

1501年，昔班尼的军队赶走了巴布尔，但后者很快组织了反抗乌兹别克势力的松散同盟。一些临近部族或城镇的军事贵族，因为巴布尔的名气和赏赐许诺，开始加入这位帖木儿系王公的部队。但凡事有实力的地方领袖，都不愿意给予援助。因为他们更加忌惮看似“自己人”的巴布尔，害怕他的势力因击败昔班尼而壮大起来。好在乌兹别克人的全面进攻策略，让自己的兵力非常分散。昔班尼和主力军一起，也经常按照游牧旧俗行事，不驻扎在被征服城市。所以，奉行军事冒险主义的巴布尔，可以使用突袭手段夺回城市。

然而，一旦自己从进攻者变为防御者，巴布尔的兵力优势就开始暴露出来。昔班尼汗倒可以在北方的牧区里从容不迫，将一些人马调派回来。在3-4月之间，乌兹别克军队一直在撒马尔罕的周围地区活动。他们执行典型的游牧式战略，逐个占据或拔除可能协防中心城市的要塞或城镇。从战略上压缩守军的动员能力。巴布尔便只能放弃低效的守城战略，凑集千名投奔者一起主动出击。双方在位于撒马尔罕和布哈拉之间的萨尔普勒遭遇，一场决战将不可避免。

1501年5月，巴布尔仅仅依靠240人的嫡系武装为核心，用千人的部队阻挡了乌兹别克人的东进路线。其中的一半人来自附近的帖木儿系势力，他们是处境经常和巴布尔一样的波斯-突厥化王公，手里的部队也比较有限。另一半则是同样与昔班尼不对付的蒙兀儿人，他们虽然有着类似乌兹别克人的传统游牧生活，但社会组织度非常松散。

由于数量远远少于昔班尼的人马，巴布尔选择靠近科喜克河扎营。不仅构筑了鹿角等障碍，还挖掘了流入河水的壕沟。这种更接近突厥军事传统的做法，也说明了蒙古影响力正在中亚被有意无意的放弃。昔班尼的军队倒是更偏向于蒙古旧俗，但因为缺乏攻城武器而难以撼动巴布尔军的营地。部分勇士策马冲到工事前挑战，但很快就被密集的步射箭矢驱逐。

之后的4-5天内，类似的情况屡屡发生。进攻者也开始选择主动下马，以更为稳妥的方式作战。巴布尔也率军步行到营地跟前列阵，背靠工事死战。尽管因为数量劣势，全军慢慢退回营地内固守，但终究将昔班尼的部队顶了回去。乌兹别克人也在晚上发起偷袭，但在越过壕沟之前就被发现。接着在守军的箭雨洗礼中败退。

五天后，新的援军开始加入巴布尔的部队。总计约4000人的河中军队赶到萨尔普勒战场，让巴布尔一方反而在数量上居于优势。倒是昔班尼的部队因为四处攻城略地，反而无法进行全部集中，处在看似劣势的地位。这也让巴布尔有了同乌兹别克人野战叫板的信心。

于是，在对峙了多日之后，巴布尔带着联军冲出了设防营地。根据麾下部队的不同来源，全军被分为了前锋-中路-右翼-左翼这4个部分。其中最精锐的突击力量，被部署在中路和前锋位置。这也说明当时的中亚骑兵战术，已经在很大程度上摆脱了蒙古影响。尤其是在城市较为密集的地区，重归经典的突厥风格。

乌兹别克骑兵的列阵与之相当，但主要的突击兵力被部署在了右翼位置。对此，巴布尔等对手也是心知肚明。因为两军都会采取更为接近中亚的战术，而非过去的蒙古旧俗。两军中最接近原始风貌的，莫过于被巴布尔置于左翼位置的蒙兀儿人。他们显然不被寄予厚望，只求能够拖延对手的前进步伐。

战斗开始后，巴布尔策动自己的前锋发起冲击。但昔班尼的军队却很快开始从右翼来包围巴布尔一方的左翼，并顺势抵达了后方位置。这一侧也集中了乌兹别克骑兵的半数精华，大有一举击破联军左翼之势。面对这样强势的冲击，被巴布尔放置在左翼的蒙兀儿人开始掉头逃跑。这些最接近蒙古旧俗的游牧战士，几乎不经抵抗而全部溃散。稍后却又在人手匮乏的巴布尔营地驻留，进而开始洗劫先前的盟友辎重。

由于蒙兀儿人的望风而逃，乌兹别克骑兵完成了对巴布尔军队的包围。但联军也并非没有还手之力。巴布尔在看到昔班尼挥师加强右翼之后，马上让装备较好的前锋与自己的右翼合流，也进行了一次右翼斜击。于是，两军间最激烈的骑兵战就在这里发生。巴布尔本人所在的中路，稍后也冲入了乌兹别克阵线，并在近距离交锋中数次击败赶来阻挡自己的对手。

然而，相比蒙兀儿人组成的联军左翼，昔班尼麾下的乌兹别克人在弱侧打得非常顽强。在重骑兵近战受挫之后，大量的轻骑兵会主动迂回到更外侧位置。通过侧翼射击，迫使巴布尔的精锐们放慢自己的进攻步伐。这也为昔班尼军队的其他分队，争取到了足够时间。昔班尼的近卫力量也数次挡住了巴布尔派遣的精锐突击部队，确保全军的核心巍然不动。

最终，乌兹别克骑兵的右翼开始发动致命一击。在巴布尔等人还在忙于应付当面交战时，从侧翼与后方冲乱了联军队列。随着大批人马在敌军的前后夹击下倒地，巴布尔已经被削弱的中路近乎完全崩溃。在身边只剩下十多名铁杆支持者的情况下，未来的北印度之王被迫策马出逃。军中的其他人或是陷入重围，或是选择逃回营地暂避。然而，他们又遭到了蒙兀儿人的攻击和抢劫，并因此死在先前的友军之手。

侥幸逃脱的巴布尔，带着十多名首先跳入科喜克河。一行人来不及脱下身上的重甲，便牵着同样披甲的战马，艰难游过河道的最深处。随后，他们沿着科喜克河以北撤退。在确定没有追兵后再次横渡到河的南岸，灰溜溜的躲入了撒马尔罕。

由于萨尔普勒之战的失败，巴布尔丧失了自己的主力部队。包括蒙兀儿人在内的众多盟友，稍后也陆续撤回城市，并带着家眷和财物离开。巴布尔身边只剩下少数从费尔干纳老家带来的附庸，并依靠市民的支持继续抵抗。昔班尼的军队在稍微追赶而来，并用一段漫长的包围期迫使巴布尔再次从城市出逃。

尽管此战的规模并不算大，但参与者却囊括了当时参与中亚争霸的几大群体。

作为最强者的乌兹别克人，以蒙古大汗为族群先祖，却依靠伊斯兰教等手段强化自己的社会组织。这也让他们在战场上保持着其他对手所无法维持的战术纪律。作为战败者的巴布尔就非常感叹，昔班尼的骑兵无论前进还是后撤，都是以整个分队为行动单位，不会轻易出现混乱。

相比之下，分散在各个绿洲城市的突厥系军阀们就要差一个层次。他们同样可以在战术层面上做到同乌兹别克人相持，却因为细节差距而不得不甘拜下风。其实这也是他们彼此间长期对立所形成的隔阂，进而影响了联合作战时的协同水准。但依靠城市为核心的小邦君主，还是能维持最基本的组织水准。这也是他们彼此间进行合连纵横的秩序基础。

至于表现最为不堪的蒙兀儿人，恰恰是原始游牧部族的真实写照。在缺乏强力领导人物的情况下，他们实际上很难有坚定的战斗意志与勇气。这也让他们可以随时加入任何势力，并在情况不佳后再立即将旧主抛弃。由于社会整体组织得过于松散，他们也在历史上成为了各类四方强敌的首要攻击对象。仅从这点来看，单纯以游牧文化和习俗来解释蒙古帝国的强大，便是一种愚蠢而不可取的解释方式。

当然，乌兹别克人虽然逐步占据了中亚，还是不得不面临巴布尔等人的持续反击。后者很快就找到了西面的波斯人，昔班尼本人也在同波斯军队的谋夫战役中被打死。