万历二十年至二十八年（1592年—1600年）间，明神宗针对边疆的问题，发动了万历三大征，耗费了大量帑银。万历二十年（1592年），哱拜和哱承恩父子在宁夏银川反叛，明神宗派李成梁的儿子李如松为总兵，率军平叛，一举平息了哱拜之乱。从万历二十年（1592年）到二十七年（1599年），日本关白丰臣秀吉发动侵略朝鲜的战争，朝鲜王京陷落，八道失陷七道。朝鲜王朝请求明朝援助，明神宗决定派兵到朝鲜，援朝抗倭。这场战争时断时续，前后进行了七年多。最后，日本因丰臣秀吉去世，将侵朝日军撤出朝鲜。万历十七年（1589年），播州（播州就是今贵州遵义地区）宣慰司使杨应龙发动叛乱，明神宗朱翊钧派兵平叛。这场战争时断时续，一直到万历二十八年（1600年），最后的结局是明军八路进兵，四月告捷，平息了杨应龙之乱。这三场战争也严重消耗了明朝的财力。

明朝统一中国后，在东北设官置治，建卫设防。万历时从鸭绿江至嘉峪关设置“九边”即九个重镇，其中辽东辖今辽宁大部地区。明朝对女真各部的统治，一面以羁糜政策笼络其首领，封官晋爵赏赐财物；一面分化女真各部，使其互相对立，以便分而治之。

在明与后金对抗中，居于开原附近的女真族叶赫部，为避免被努尔哈赤吞并，依附明朝，反对后金。鸭绿江以东的朝鲜李氏王朝，也倾向于明朝。蒙古察哈尔部，住在归化城（今内蒙古呼和浩特）与承德之间，与后金对立，但同明的关系也好坏无常。住在大兴安岭南部的蒙古科尔沁部与住在大凌河以北的蒙古喀尔喀部，倾向并依附后金，常与后金配合，袭扰辽东。

万历朝鲜战争后，辽镇的战斗力开始下降，精锐损失殆尽，短时间无法恢复。据户科都给事中李应策统计，辽东原有兵额95000，至万历二十八年（1600年）只有40000，也就是说减少了60%；壬辰战争后，辽东兵力之不足、防御之单薄可见一斑。明朝晚期，因忙于镇压关内农民起义及高淮乱辽，无力顾及辽东防务，驻守辽东的明军，训练荒废，装备陈旧，缺粮缺饷，虚额10余万，实有兵不过数万。加上政治腐败，守备分散，军队战斗力差。在辽东形势日益严重的情况下，徐光启对女真人的战略则与鞑靼不同，且不断变化。他首先提出练精兵，联合朝鲜和北关（海西女真的叶赫部）的军事进攻战略。他认为以训练的精兵出关，“益以辽士二万，北关一万，更欲徵朝鲜二万，两路牵制，一路出攻，约周岁之内，可以毕事”。为了联合朝鲜，他请求亲自出使朝鲜。后来的萨尔浒之战，明廷虽然采用联合朝鲜和北关的战略，但第一没有精兵，第二战争指导错误，不是一路出击而是四路出击，互不协调。当时徐光启就指出：“四路进兵，此法大谬”，并预言努尔哈赤一定“并兵以应一路，当之者必杜将军矣”。事实果如徐光启所料，努尔哈赤集中兵力，各个击破，首先迎击杜松，致使明军大败。

万历四十六年（后金天命三年，1618年）正月，努尔哈赤趁明朝朝廷党争激烈、防务松弛的时机，决意对明用兵。农历二月，努尔哈赤召集诸臣讨论用兵方略，决定先打辽东明军，后并叶赫部，最后夺取辽东。农历三月间，后金加紧秣马厉兵，扩充军队，修治装具，派遣间谍，收买明将，刺探明军虚实。在经过认真准备和精心筹划之后，努尔哈赤在农历四月十三日以“七大恨”誓师反明，历数明朝对女真的七大罪状，率步骑2万向明朝发起进攻。抚顺城以东诸堡，大都为后金军所攻占。后金军袭占抚顺、清河后，曾打算进攻沈阳、辽阳，但因力量不足，翼侧受到叶赫部的威胁，同时探知明王朝已决定增援辽东，便于九月主动撤退。

抚顺等地接连失陷，让明神宗感到事态严重，派兵部左侍郎杨镐为辽东经略，主持辽东防务。并决定出兵辽东，大举进攻后金。但由于缺兵缺饷，不能立即行动，遂加派饷银200万两，并从川、甘、浙、闽等省抽调兵力，增援辽东，又通知朝鲜、叶赫出兵策应。经过半年多的准备，援军虽大部到达沈阳地区，但粮饷未备，士卒逃亡，将帅互相掣肘。

明万历四十七年（后金天命四年，1619年）正月，努尔哈赤又亲率大军进攻叶赫部，得到二十多个寨子。听说有明朝的军队来了，这才回去。明朝的杨镐派遣使者去后金商议罢兵，努尔哈赤回覆书信拒绝。

明万历四十七年（后金天命四年，1619年）二月，明军集结全国20万精锐，加上叶赫部、朝鲜军队，号称47万向辽东发起进攻。由于明朝朝廷财政紧张，无力长期供养辽东集结明军作战部队，明神宗一再催促杨镐发起进攻。于是杨镐坐镇沈阳，命兵分四路围剿后金。

杨镐的作战方针是：以赫图阿拉为目标，分进合击，四路会攻，一举围歼后金军。明朝兵力方面：总兵杜松、王宣保定总兵、赵梦麟、刘铤、李如柏辽东总兵、马林、贺世贤、副将麻岩、监军广宁分巡道张铨、海盖道康应乾、辽阳分守道阎鸣泰、开原道潘宗颜，文武臣等统兵二十万，期灭满洲，诸臣承命起兵至辽阳。经略杨镐以二十万兵号四十七万，遣满洲人一名，系取抚顺时叛投者，于二十四日赍书至，言大兵征取满洲，领兵将帅及监军文臣齐至，三月十五日乘月明之时，分路前进．后大兵果会于沈阳，分为四路，约三月初一日齐出边境，合兵攻取满洲都城，约定，遂起大兵进发。

时杨镐奏上“擒奴赏格”经兵部尚书黄嘉善复奏，明神宗批准，颁示天下。赏格规定：擒斩努尔哈赤者赏银10000两，升都指挥使；擒斩其八大贝勒者赏银2000两，升指挥使；李永芳、佟养性等叛将，若能俘献努尔哈赤，可以免死。又诏令叶赫贝勒金台石、布扬古若能擒斩努尔哈赤，将给与建州敕书并封龙虎将军、散阶正二品。若擒斩其余努尔哈赤的十二亲属伯叔弟侄，及其中军、前锋、领兵大头目、亲信领兵中外用事小头目等，一律重赏并且封授世职。

原拟1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十一日出边进击，但因天降大雪，改为同月二十五日。同时，限令明军四路兵马于农历三月初二会攻赫图阿拉。

努尔哈赤在攻破抚顺、清河之后，鉴于同明军交战路途遥远，需要在与明辽东都司交界处设一前进基地，以备牧马歇兵，于是在吉林崖（今辽宁抚顺市东）筑城屯兵，加强防御设施，派兵守卫，以扼制明军西来之路。

四路明军出动之前，作战企图即为后金侦知。努尔哈赤探知明军行动后，认为明军南北二路道路险阻，路途遥远，不能即至，宜先败其中路之兵，于是决定采取“凭你几路来，我只一路去”的集中兵力、逐路击破的作战方针，将6万兵力集结于都城附近，准备迎战。

1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十九日，后金军发现明朝刘綎军先头部队自宽甸北上，杜松率领明军主力已出抚顺关东进，但进展过速，孤立突出。努尔哈赤接到奏报以后，决定以原在赫图阿拉南驻防的500兵马迟滞刘綎，乘其他几路明军进展迟缓之机，集中八旗兵力，迎击杜松军。努尔哈赤说：“大明军队确实来攻打我们了，我们南方已有驻兵五百人，就用这些军队抵御南方的敌军吧。这是明军声东击西的战术，他们故意让南方的军队先让我们知道，这是要引诱我们的军队开向南方，他们的主力大军一定会从西边抚顺关的方向来进攻的。我们要先打他从西边来的军队。”

努尔哈赤命令诸王贝勒和大臣领城中兵出发向西迎敌。军队正行进的时候，哨探又来向努尔哈赤报告说：“东南方向从清河城那条路上又有明军队兵来了。”努尔哈赤说：“清河城方向这一路虽然有军队，但这条路地形狭隘险峻，他们不可能很快赶到，就让他们自己来吧，我们先到抚顺关迎击西面的敌军。”

1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初一，杜松军突出冒进，已进至萨尔浒（今辽宁抚顺东大伙房水库附近），分兵为二，以主力驻萨尔浒附近，自率万人进攻吉林崖。努尔哈赤看到杜松军孤军深入，兵力分散，一面派兵增援吉林崖，一面亲率六旗兵4万5千人进攻萨尔浒的杜松军。次日，两军交战，将过中午，天色阴晦，咫尺难辨，杜松军点燃火炬照明以便进行炮击，后金军利用杜松军点燃的火炬，由暗击明，集矢而射，杀伤甚众。此时，努尔哈赤乘着大雾，越过堑壕，拔掉栅寨，攻占杜军营垒，杜军主力被击溃，伤亡甚众。后金驻吉林崖的守军在援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军西路军主将总兵杜松、保定总兵王宣、原任总兵赵梦麟，都在战斗中阵亡。明西路军全军覆没。

明军主力被歼后，南北两路明军形孤势单，处境不利。

1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初一的夜里，明朝北路军由马林率领进至尚间崖（在萨尔浒东北），得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。马林为保存实力，环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。又命部将潘宗颜、龚念遂各率万人，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。

努尔哈赤在歼灭杜松军后，即将八旗主力转锋北上，去尚间崖方向迎击马林军。1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初二早晨，马林军队刚要拨起扎营的器物准备向南进军，发现努尔哈赤率领的军队到了，就率军队重回宿营地重新扎营布列战阵，阵列方形，营地四面昨夜挖有三道壕沟，壕沟外排列大炮，放炮的兵皆徒步站立炮后，大炮的外层，又密密排列一层骑兵，骑兵的前面再排列火枪队，其余众兵都下马，进入三层壕内的营中列阵。

后金军先派一部骑兵横冲明将龚念遂营阵，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，击败龚军。到中午12点的时候，努尔哈赤赶到了马林所扎大营的地方。

马林营地的东边有一山。努尔哈赤说：“我们的士兵应当先占东边山上的高地，从山上居高临下的向西方山下的马林军的军营冲击，我们就能把马林的军队打败”。于是努尔哈赤率亲卫军及二旗众兵全体离营向东，来到东山南坡山脚下，准备从南坡登山。

这时马林与后金军对峙一上午后，见后金的援兵已到，在帅旗下聚集起来的兵加起来也不过二旗再加四五千人，他认为后金的兵总数也就这些了，加上后金兵离营移军向东，队不成列，于是马林决定主动出击决战，他命令营内士兵出营与营外的骑兵和火枪队汇合，大军主动向位于明营东边的后金军队发起攻击。

努尔哈赤在山上向西看，见大明营内军兵与营外壕外的军兵汇合，努尔哈赤就说：“这样子是明军要来主动攻击我们了，不用登山了，可以下马跟他们徒步作战。”代善就从山的左侧，也就是南坡下山到山脚下，命令他的二旗士兵下马准备步战。下马的人才四五十个人，大明军队就从西面来攻上来了。代善对努尔哈赤说：“我应当领兵前进。”随即策马迎敌，直杀入明军的队伍中。随后诸贝勒与各位率兵的台吉等分别投入杀明兵，两军混战，明军败退，进攻的明军被杀大半。

这时，追杀龚念遂部逃兵的六旗兵战斗结束，急急忙忙赶来了，看到两军正战，这六旗兵先到的不等后面军队到来，也来不急整顿队伍，直接攻击明军马林的大营。马林军营中士兵放枪接战。满州兵射箭冲击，在东面和南面两路夹攻之下，大明军队抵挡不住进攻势头，大败而逃，满州军兵乘势追杀，击破潘宗颜部，北路明军大部被歼。明军副将麻岩等皆被杀，总兵马林仅自己率数人逃走。

明朝刘綎所率的东路军因山路崎岖，行动困难，未能按期进至赫图阿拉。因不知西路、北路已经失利，仍按原定计划向北开进。努尔哈赤击败马林军后，立即移兵，迎击刘军。

1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初三，为全歼刘军，努尔哈赤采取诱其速进，设伏聚歼的打法，事先以主力在阿布达里岗（赫图阿拉南）布置埋伏，另以少数士兵冒充明军，穿着明军衣甲，打着明军旗号，持着杜松令箭，诈称杜松军已迫近赫图阿拉，要刘綎速进。

刘綎信以为真，立即下令轻装急进。

三月初四，明军东路刘铤军从宽奠出发时，后金东边的人民都躲避到深山老林中去了。刘铤率军一路上攻占山寨，将瘸子、瞎子等不能动的人杀死，一路向前进军。刘綎先头部队进至阿布达里岗时，遭到伏击，兵败身死。努尔哈赤乘胜击败其后续部队。

杨镐坐镇沈阳，掌握着一支机动兵力，对三路明军没有作任何策应。及至杜松、马林两军战败后，才在三月初五，慌忙传令李如柏军回师。李如柏军行动迟缓，仅至虎拦岗（在清河堡东）。当接到撤退命令时被后金哨探发现，后金哨探在山上鸣螺发出冲击信号，大声呼噪。李如柏军以为是后金主力发起进攻，惊恐溃逃，自相践踏，死伤1000余人。朝鲜军队元帅姜弘立率领剩余的五千兵下山来投降，后金设宴款待他们之后，将他们释放回国，并且修书给朝鲜国主光海君。

萨尔浒之战以明军的失败、后金军的胜利而告结束。这次战役，明文武将领死亡310余员，军士死亡45870余人，阵失的马、骡、驼共28600余匹。此战之后，后金军乘势攻占开原、铁岭，征服了叶赫部，酋长金台吉、布扬古被杀死，余部俱降建州。朝鲜王朝的光海君于1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历五月，派遣使者去后金致谢，从此对后金与明朝采取中立政策，直至后来仁祖反正。

明军主帅杨镐兵败之后立即引咎辞职，后被拘押，崇祯二年（1629年）被处决。杜松与刘綎已死于战场，马林也于3个月后在开原战死，明军四路主将四人已失其三，仅有李如柏始终未遇敌，但在战役之后数日即为言官弹劾。一年半后辽事更坏，此事再被提及，李如柏自杀以明志。

萨尔浒战役除李如柏军撤走未遭惨重损失，明军共损失兵力约45800余人，战死将领300余人，丧失骡马28000余匹，损失枪炮火铳20000余支，元气大伤，后金军的胜利，不但使其政权更趋稳固，而且从此夺取了辽东战场的主动权。因为战争的原因，造成巨大的军事开支使得明朝不断加重赋税，激化了国内的矛盾，导致明朝遭遇内忧外患的袭击，两面作战。

萨尔浒战后，辽东的形势更加危机，这时徐光启提出了重点防守的战略。他说：“今日之计，独有厚集兵势，固守辽阳，次则保全海、盖四州为上策，但须多储守之器，精讲守之法。中间惟火器最急，若得大小足备，兵将练习，寇至之日，乘城抵敌，歼其二三阵，必啮指退矣。”在“人非其人，器非其器，且无将无马”的形势下，他认为“归并合力不足为怯，婴城自守不足不弱”。他就是要集中兵力防守辽阳等城镇。因为在他看来，辽东是京师的左臂，如果不守辽东，敌人一天天强大，山海关以南处处设防，要比守辽东费十倍之力。

而明军自遭此惨败，开始陷入被动，到天启年间，辽阳、沈阳、广宁等重镇相继失守，明朝退守辽西，完全陷入被动，局势万分危急。明朝方面自此由进攻转为防御，后金方面由防御转为进攻。明朝最后失去大部分辽东领土，山海关以外仅余少部分土地如锦州、宁远、杏山、塔山等地。

关于明军兵力，有三种说法：其一，所有清朝史书记载大都本着《武皇帝实录》之说为二十万，号称四十七万。直到解放前，学者著述多采此说。其二，明军二十七万，号称四十七万。此一说仅见于《满文老档》。其三，《三朝辽事实录》记为八万八千五百五十余人。近人著述多以此说为是，明朝方面还有叶赫和朝鲜兵各一万余清人记载为各二万，而后金兵力一般都认为是六万人，这样，合计起来，无论是以六万胜二十四万或二十七万，还是以六万胜十二万，当然都是以少胜多，但实际并非如此。

首先看明军兵力。陈涴认为战前动员是十二万左右，而参战的只有十万，二十万、二十七万都是清人故意夸大之数。因为在前面所举三种记载中，《三朝辽事实录》最为切合实际。其原文是：

各路除丽兵外，主客出塞官军共八万八千五百五十余员名，阵亡道镇副协参游都司通判守备中军千把总等官共三百一十余员名，并印信一颗，阵亡军丁四万五千八百七十余名，阵失马骡驼共二万八千六百余匹头只，今阵回见在并招集官军共四万二千三百六十余员名。

这是有关史籍中最详尽的记载，列举数字显然是官方统计的数字，不是约略估计的，该书作者王在晋“以在事之人，言当时之事”，当甚为可信，虽其撰写此书“自为攘功掩罪计”孟森《三朝辽事实录评》，但萨尔浒战事与其干系不大，无“攘功掩罪”之必要，故不致有虚伪之词。更重要的是，这一数字还可以从明人记载中找到佐证。《明经世文编》收录当时蓟辽总督薛三才的奏疏中明确记载：

调募之兵大约不下十二、三万人，内以三万人联络东西，专备御虏之用，征剿奴者，可得十万人。（《清剿奴酋酌议兵食第一疏》）

而这十万人中，“并北关、朝鲜之兵亦在数内，实止得八万耳。”《清剿奴酋酌议兵食第二疏》正与《三朝辽事实录》所记相符。以上对明军兵力的三个说法约九万、十一万、十万，都与《三朝辽事实录》所记八万多之数相近，而远不及二十万，更不及二十七万。实际上明军参战实际兵力不到十二、三万，只有七万余的这一事实。还在万历四十六年六月，江西道御史薛贞在奏疏中就提到“调到援兵皆伏地哀号，不愿出关。”“钻刺将领见奴氛孔鱼，都哭而求调”（《明神宗实录》）。显然，援兵在开赴前线过程中，减员是必然的，所以，杨镐所说“援兵皆大减原数”是实情。加之，甘肃路援军未到，因此，战前动员的八万多明军并没有如数参战。

后金兵力也足有十万之数。一般著述都说是六万，这一数字并非当时史籍明确记载，而系推算得来。万历四十三年（1615年），八旗军制确立，“每三百人立一牛录额真，五牛录立一扎拦厄真（甲喇额真），五扎拦立一固山额真”（《武皇帝实录》卷二），固山即旗，如此算来，八旗兵员正是六万之数。萨尔浒之战前，杨镐等明朝将官所了解到的“奴酋精兵约六万余”的情况当也是如此估计之数。《满文老档》明确记有“四月十三，寅日，已刻，八旗的十万兵出征尼堪……”，拿下抚顺东州、玛哈丹等处后，“带那俘虏去时，六万兵分送，汗率四万兵移营前进，在边境地方宿营。”（《重译满文老档》卷六）《武皇帝实录》卷二则记“四月十三壬寅已时，帝将步骑二万征大明，……”拿下抚顺、东州、玛哈丹等处后，“遂令兵六万率降民及所得人畜前行归国，帝与诸王臣领四万移营，复临大明边安营。”先说二万兵出征，后说六万兵押送俘虏返回，四万兵继续前进，前后自相矛盾，显然先说二万是为误笔，因为满文的“二”与“十”字形相似，容易混淆，清人根据《满文老档》编写实录时，可能误当一字了。《满文老档》是后金当时的记录，虽然对明军兵力不免夸大，却绝不会虚夸自己的兵力。所以，这是后金在萨尔浒战前足有十万兵力的明证。

有关萨尔浒之战的性质，史学界论述颇多，多认为这场战争具有民族压迫与反民族压迫的性质。也有学者认为，萨尔浒之战是后金政权一再攻城略地的产物，不应视作民族压迫与反民族压迫，而是明朝中央政权为维护国家统一和边疆民族地区社会安定而迫不得已所进行的军率行动。

有学者认为，综观明朝对东北地区女真的统治，是以羁康为主辅以军事相威慑，即“恩威并立，足制其心”。明朝对女真的统治是较为宽松的，在政治上“以夷治夷”、“自相统属”，在经济上通过“贡赏”与“抚赏”给予女真颇为丰厚的资助。更值得注意的是，女真人除在马市贸易中纳税之外，再无赋税之累、差摇之苦，不能不说明廷对女真是极为优厚的。女真人只要“归心朝廷”，便可“打围牧放，各安生业，经商买卖，从便往来，共享太平之福”了。后金方面，努尔哈赤“七大恨”及《清太祖实录》所记大抵如此。综观这些史料及“七大恨”，归纳起来只有三个内容一是努尔哈赤父、祖死于兵燹，归罪于明兵相助尼堪外兰。关于努尔哈赤祖父觉昌安、父塔克世之死，史料记载很少。除上面所引《清太祖实录》癸未年李成梁兵攻古勒、沙济二城时，觉昌安、塔克世前往古勒往救礼敦之女而死于乱军之中一说外，尚有《东夷考略·女直通考》之载，原文是“初努尔哈赤祖叫场、父塔失，并从征阿台，为响导，死兵火”。叫场即觉昌安，塔失即塔克世，阿台乃王杲之子，于万历十一年初，掠静远、偷林等地，故明将李成梁剿之。不论哪种原因觉昌安父子死于战乱是实，但非明朝蓄意杀害，实乃误伤，且事后又做了妥善处理，应该说算不上是民族压迫。