1945年，共产主义政权统治下的南斯拉夫体育界发生重大变革，政府强制在某些地区对足球运动采取整合措施，以迅速建立起全南斯拉夫层次的足球联赛。萨格勒布的三支最著名球队哈斯克（HAŠK）、萨格勒布格拉丹斯基（Građanski Zagreb）和康科迪亚（Concordia）被解散，重新组织一支名为“迪纳摩”的球队。6月9日，新球队正式成立，主场在原哈斯克的马克西米尔球场，但是绝大多数主力球员则来自格拉丹斯基，球衣颜色也与之相似。

球队在克罗地亚独立前四次夺得过南斯拉夫联赛冠军，七次夺得杯赛冠军。1969年起，球队采用的队徽与格拉丹斯基队的极其相似。

克罗地亚从南斯拉夫独立后，俱乐部开始参加克罗地亚联赛与杯赛，并一举奠定了其国内优势。一开始因为对于“迪纳摩”一词的反感，曾采用“克罗地亚萨格勒布”的名称，但是到1999年又恢复使用原名。16年内，萨格勒布迪纳摩共夺得了12个联赛冠军、8个杯赛冠军和7个超级杯冠军，压倒了国内主要竞争对手哈伊杜克足球俱乐部。