1447年第四代长老祝奈德(?～1460)继任后，进入新的发展阶段。在其领导下，该教团以武力打败周围的基督教邻国，于阿尔达比勒建立政权，为土克曼白羊王朝(1378～1508)的藩属国，教团变为政教合一组织。此后教团首领祝奈德被尊奉为“安拉在大地的代理人”，教义上转向什叶派的“极端派”。1460年祝奈德在同高加索人的“圣战”中阵亡，其子海达尔(Haydar，?～1488)继承教权，后在同白羊王朝军作战时阵亡。海达尔生前将教团转变为军事组织，成员头戴十二角的红帽，为什叶派十二伊玛目支派的象征，俗称“红头军”，教义上更加倾向什叶派。海达尔的次子曾被白羊王朝流放于法尔斯，后在白羊王朝崩溃时逃回阿尔达比勒。长子阿里于1494年被杀害，次子伊斯玛仪(1502～1524在位)继位后，建立萨法维帝国(1502～1732)。为标榜政权的合法性，萨法维诸王后来割断与苏菲教团的联系，宣称教团始祖萨菲丁系什叶派第七代伊玛目穆萨·卡兹姆(?～799)的后裔，国王伊斯玛仪为“隐遁”的伊玛目的代理人，并立十二伊玛目派教义为波斯国教。