实行空防合一体制。主要担负防空、支援地面和海上部队作战、空中侦察等任务。1917年，葡萄牙建立陆军航空队和海军航空队。1934年，陆军航空队拥有70余架飞机，海军航空队拥有21架飞机和飞艇。1937年底，葡政府下令整编陆军航空队，加强战场建设，同时向英国、德国、意大利等国家购买飞机。第二次世界大战期间，陆、海军航空队从英、美两国采购飞机。战后，葡萄牙从英国引进数十架飞机。1952年7月1日，陆军航空队和海军航空队合并，成立独立空军。

空军参谋部是空军最高领导机构，驻阿马多拉。下辖作战司令部、空降兵司令部和亚速尔空军司令部。空军参谋长是空军最高指挥官。截至2001年，空军兵力7400人，占武装力量总兵力的17%。编有2个攻击机中队、1个警戒机中队、1个海上侦察机中队、3个运输机中队、2个搜索与救援机中队、1个联络机中队、2个训练中队。装备各型飞机160余架，其中作战飞机51架，主要为“阿尔法喷气”、F—16A/B、A—7、A—7P等机型，机载武器为AIM—9型空空导弹，AGM—6513、AGM—84A型空地导弹。