万历壬辰年（1592年），佩征西将军印，镇守宁夏。其时，叛军许朝嗦、刘樱据守城池。董一奎不得入内，就在城外办公，八十多日昼夜不解铠甲，致使铠叶被汗水浸蚀透孔。癸巳年冬，日本派遣使臣经朝鲜来明王朝求封。兵部尚书石星因董一奎曾带兵援助过朝鲜，了解日方情况，特意让董一奎主持接待日使，并欲推举他为封倭正使出使朝鲜。期间，游击沈惟敬暗中与日本人勾结，前往拜见董一奎，打听日本人求封内情。董一奎坦然相告：“待我到了朝鲜，详细察看日人求封情意真伪，再做道理。”沈惟敬害怕通日败露，极力阻止董一奎出使，向兵部尚书石星进谗言：“日本人擅长诗词，恐一奎一能胜任。”石星被其蒙蔽，旋另派他人前往，中日会盟的事亦未获结果。不少人叹惜朝廷未用董一奎，惋惜董一奎的才华未得到发挥。乙未年（1595年），董一奎调镇山西，后年迈解职回乡。