1998年8－9月，奉南京军区命令，担任长江抗洪部队总指挥，率三万多官兵，经五个多昼夜的连续奋战，堵住了决口，被称为‘千年一堵，人间奇迹’是取得长江抗洪胜利的主要功臣之一。将军的儿子董三榕，时任第31集团军某部少尉排长，当时与父亲在同一个大堤上抗洪抢险，被誉为‘父子兵’。受到中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民的高度赞誉和亲切接见。中央电视台‘东方之子’栏目、凤凰卫视等新闻媒体都进行了专题报道。

2017年2月9日，原南京军区副司令员董万瑞将军因病在南京逝世，享年76岁。

98抗洪中董万瑞中将和少尉儿子的故事

98抗洪九江的一幕，他是统领千军的铁血将军，可是他流泪了，或许他从心底里感激那些在堤坝上与洪水拼命的战士们，不过此刻，他是用泪水来表达的，用泪水目送子弟兵的离去！向人民子弟兵敬礼！向我们的好将军敬礼！ 敬礼！南京军区副司令员董万瑞、副政委雷鸣球中将！ 当天下午，九江长江大堤大决口的消息传到了中南海。获悉此事后，江主席亲自打电话给中央军委副主席张万年，指示及时调遣部队支援九江决口抢险。 南京军区司令员陈炳德接到张副主席电话后，当即与方祖岐政委下达增兵九江的命令。同时，委派军区副司令员董万瑞中将带领一个精干的指挥小组迅即从南京乘坐军区的值班飞机飞赴九江，到现场坐镇指挥。 封堵决口，决战在即。董万瑞中将已在大堤上坐镇指挥五天五夜，他已被太阳晒得黑如木炭，脸上脱下了一层皮。以从严治军著称的中将也有一颗慈父的心。他的儿子董三榕少尉也在抗洪队伍中，是大名鼎鼎的“红色尖刀连”的排长，中将父亲还是在龙开河工地和陪同总政治部于永波主任看望“红色尖刀连”官兵时，先后两次看到又黑又瘦的少尉儿子。第二次看见比自己高一头的儿子，将军只说了一句：“看看你的手，你还没有我黑。”董三榕不好意思地笑了。其实，在连队里，他已经被战士们称为“酋长”，公认是全排最黑的人。董万瑞不心疼儿子，却心疼自己的兵。他不止一次被身边战士冒着生命危险堵决口的英雄事迹感动得流下了热泪。他总是叫记者不要写他，多写写奋战在一线的官兵们，他说：“你要我讲官兵中有多少英雄，我说不清。但我可以告诉你，他们中每一个人都是英雄，都有一串催人泪下的故事……”

1998年夏，我国江南、华南大部分地区及北方局部地区普降大暴雨到大暴雨。长江干流及鄱阳湖、洞庭湖水系，珠江、闽江和嫩江、松花江等江河相继发生了有史以来的特大洪水。受灾人数之众，地域之广，历时之长，世所罕见。 在党中央和国务院的英明领导和决策下，数百万军民众志成城，奋起抗洪，一方有难，八方支援，中华儿女用钢铁般的意志和大无畏的英雄气概，谱写了一曲又一曲气吞山河的抗洪壮歌。抗洪精神就是：万众一心、众志成城，不怕困难、顽强拼搏，坚韧不拔、敢于胜利。

董万瑞将军还是军事题材电视剧《DA师》的总顾问。《DA师》，一部反映当代军人题材的22集电视剧，以王志文、许晴、巍子等众多明星的加盟、上亿元的制作成本以及大场面的军事演习在2002年央视一套热播。本剧紧扣军事斗争准备这个中国军队现代化建设的龙头。本剧凸现南京战区的战略地位和“打头阵”的历史责任，努力聚焦、状摹、讴歌当代优秀军人为国防建设所建树的功勋和展现的丰采，正面回答如何“打得赢”这一中国人民普遍关注的热门话题，是中国军队的目标和使命。