蒙巴萨是东非最古老的城市之一，优良的港口条件使其始终处于海上列强的争夺之中。岛名“蒙巴萨”意为“战争岛”，反映了其辛酸的历史。公元前500年即与埃及有航海来往。葡萄牙人于15世纪末来到蒙巴萨，使之成为向东征服的重要航海基地。但在以后的两个世纪里，阿拉伯人不断与葡萄牙人争夺东非沿海霸权，蒙巴萨也几经易手。后葡萄牙人在印度洋败于其它欧洲海上强国，遂于1720年撤出蒙巴萨。1822年，英国宣布蒙巴萨为英国保护地，并任命总督进行管理。从此，蒙巴萨成为英国的领地，直至1963年。

蒙巴萨优良的海滩以及古老建筑与现代建筑之间的强烈反差吸引着众多游客，每年有近40万外国旅游者前来观光。

蒙巴萨还是一个商业城市和工业城市。港口每年吞吐货物约650万吨。炼油厂每年加工200多万吨原油。