少年即补秀才，为提督学政董其昌所器重。万历四十二年（1614）中进士，任江西建昌县令。他上任后，一改过去县令肆意搜刮之风，对京官们的索取也一概拒绝。天启初，离任进京朝觐，建昌父老特作《去思歌》以表思念之情，并建生祠供奉。大学士叶向农极力推荐他，先后被委任弹劾，并指责首辅大学士魏忠贤偏袒继偕。为此，蒲秉权受到廷仗和降三级的处罚，在叶向高、韩? 等大臣的解救下才幸免于难。崇祯继位后，魏忠贤被诛，蒲秉权被召回出任西宁兵备道。他从民族统一的大局出发，纵横捭阖，使少数民族归心朝廷。后任肃州副使，蒙古部落酋长阿害囊素进攻归顺朝廷的部落，他亲率大军，歼敌700余名。酋长窜逃，从此不敢反叛。崇祯十七年（1644），李自成攻破北京，明朝灭亡。蒲秉权悲痛万分，绝食身亡。著有《》10卷和《掖垣奏议》。