次月，洪钟率军抵达四川，但是与林俊对军事部署发生冲突，因此延误军机。蓝廷瑞借此召集流散的部属，恢复士气，并攻占营山县，杀死佥事王源。洪钟因此与林俊一同总督四川部队、陕西巡抚都御史蓝章督陕西兵，并号檄湖广河南兵，一同分兵进攻，由洪钟、林俊两人总督。湖广部队首先抵达陕西石泉县熨斗坝，叛军见此着急并祈求归降，被命抵达四川东乡县金宝寺。然而叛军意在缓兵之计，一边求降一边仍然掠杀。之后明军包围，叛军稍微退让。

六月十五日，蓝廷瑞将自己掠夺的一女子装作自己女儿，嫁给领兵土舍彭世麟为妾，以求联合彭世麟。彭世麟借此邀请叛军首领到营中庆祝，却成功设伏逮捕蓝廷瑞等人。叛军听闻此事后大败逃散，明军趁机进攻并获大胜。叛军只有廖麻子未能逮捕。战报奏上后，加洪钟为太子太保，林俊等人也有奖赏。

平定方四、任胡子叛乱

江津曹甫余党方四、任胡子、麻六儿等率众逃到綦江，进入思南府、石阡府等地。方四自称总兵，任胡子自称御史。当时贵州部队成功在思南抵御叛军，而播州兵在三跳等地阻击叛军，叛军因此由贵州再次逃回四川。

同年八月，叛军进攻南川、南颈、雀子冈等地，都被明军阻截；之后改为进攻东乡、永澄等地，都被当地部队抵御。当时百户柳芳等阵亡，明军士气不振，叛军借机谣言要攻取江津、重庆、泸州、叙州，最终攻占成都，致使舆论哗然。明军于是再改部署，林俊驻守江津，高崇熙驻守泸州，太监韦兴驻守成都，都御史王纶驻守重庆。并檄副使何珊、都指挥邹庆率兵由合江进攻。副使李钺、知府曹恕率兵由江津进攻，形成夹击攻势。

九月，叛军进攻江津，恰逢石砫援军抵达，明军合力抵御成功，并追叛军到合小坪。此后叛军以八千人再次袭击江津，林俊、李钺、曹恕率领酉阳、播州、石砫等部队，从三道迎击获胜，并追叛军到高观山。林俊见叛军士气正盛，遣降将周大富入营招抚。方四伪令李廷茂出降，自己仍不投降。高崇熙知道叛军首领皆是仁寿人，派人抵达仁寿，将首领家属带入营招降。方四等人杀死自己族人，仍然不归降。明军于是开始强攻，并斩杀任胡子等，追杀三十余里，斩首一千八百余级，生擒方四妻妾，俘获男妇三千四百余人。然而部队冒进，反而被叛军反攻并再次逃散。当时明武宗宠信宦官，因巡抚右副都御史林俊反对宦官冒功，又因与洪钟多有不和，请求致仕。尽管御史台请求留用，明武宗仍旧批准辞呈。林俊走后，四川人号哭追送。不久，叛军麻六儿、喻思俸、骆松祥、范藻等人再次起兵，内江、崇庆等地数年都无法安定。

明武宗随后起用巡抚都御史高崇熙调兵讨方四、廖麻子、麻六儿等。正德七年二月，叛军抵达贵州，并再次聚集力量，抢劫南川等县，明军节节败退。之后方四从南川进攻綦江，被佥事马昊击退，叛军奔至婺川退散。方四改名逃跑，被开县义官李清逮捕报官。

平定余部叛乱

十一月，汉中廖麻子、喻思俸，内江骆松祥，崇庆范藻等分别进犯州县。洪钟无法各自攻破，被御史王纶弹劾“纵寇殃民”，遂被罢职。明武宗命右都御史彭泽总制军务，同总兵时源征讨。

正德八年二月，巡抚四川右都御史高崇熙因盗贼无法全部消灭，被逮捕入狱。改以右佥都御史马昊巡抚四川。四月，彭泽率领苗兵进攻汉中廖麻子获胜，并分兵逐一逮捕；之后迅速移兵到内江讨骆松祥，并成功平定。

正德九年正月，彭泽率兵讨崇庆范藻等，获胜。至此四川盗乱悉数平定，加总制军务彭泽为太子太保，左都御史时源为左都督。