光绪十八年三月三十日，蓝建枢实授北洋水师后军右营都司，任“镇中”鱼雷艇管带。

光绪二十年七月初一日，甲午战争爆发。清廷令北洋舰队提督丁汝昌护送援兵入朝。

八月十七日，蓝建枢督驾“镇中”鱼雷艇随北洋舰队护送兵船至朝鲜。翠日，北洋海军主力在鸭绿江口外的黄海海面与日本联合舰队激战。

黄海海战后，北洋海军奉李鸿章“避战保船”之令迁避威海卫。

光绪二十一年正月初五日，日本进攻威海卫基地，蓝建枢率“镇中”艇参加防御作战。

四月初四日，清政府下令撤销海军衙门，所有海军将领一并革职。蓝建枢被革职，留营效力。

光绪二十九年二月二十五日，经直隶总督兼北洋大臣袁世凯保奏，以蓝建枢“自革职留营以后，颇知愧奋”，“才足任用”，开复原官，仍留山东原省补用，派充烟台水师学堂任驾驶正教习。

光绪三十年九月，蓝建枢调任“通济”练习舰管带。

宣统三年（1911年）二月初九日，蓝建枢充任清廷海军部参赞厅二等参谋官。

九月二十六日，蓝建枢充任海军部参赞厅一等参谋官。

1912年3月1日，蓝建枢任北京临时政府海军部高级副官。

3月12日，蓝建枢联合黄钟瑛、魏瀚、杜锡珪、林建章、陈兆锵等旅沪闽籍海军军官发表反对福建政务院关于“外省旅闽人士每届选出特定议员专额”专法，主张“闽人治闽”。

4月6日，蓝建枢任海军总司令部高级副官兼海军舰队左司令。

11月6日，蓝建枢被授予海军少将军衔。

12月1日，海军舰队左司令改为第一舰队司令，蓝建枢任第一舰队司令。

1913年7月12日，蓝建枢获得“三等文虎勋章”。

“二次革命”爆发后，袁世凯急命海军次长汤芝铭率舰赶赴江西九江镇压革命。蓝建枢奉命率第一舰队驻上海为后援，协助上海江南制造局郑汝成镇压“二次革命”，击败上海陈其美的“讨袁军”。

7月18日，蓝建枢调任海军部参谋处少将处长。

1914年2月1日，蓝建枢调任海军部参事厅参事。

1917年7月26日，蓝建枢调任海军编史监修，与黄裳治、刘传绶等三人共同审定海军部编纂科编的《海军大事记》。

1918年2月22日，蓝建枢被授予海军中将军衔。3月28日，北京政府大总统冯国璋明令特任蓝建枢为海军总司令。

4月2日，蓝建枢获得“二等大绶嘉禾勋章”。

11月，蓝建枢率40余人回福州，参加福州船政局“海鹄”炮艇下水典礼，并与前海军总司令李鼎新、练习舰队司令蒋拯、第二舰队司令杜锡珪、第一舰队司令林颂庄等到汕头，与广东护法军政府海军总司令林葆怿协商南北海军停战议和，企图动员林葆怿放弃政见，率护法舰队归队，终因不果而回北京。

1919年1月4日，蓝建枢获得“二等文虎勋章”。10月14日获得“二等宝光嘉禾勋章”。

1920年10月，蓝建枢与护法舰队司令林葆怿等联合致电北京政府与广东军政府，宣布“南北海军统一”。

同年蓝建枢发起倡议集资修缮马尾昭忠祠。

1921年7月22日，北京政府封蓝建枢为“澄威将军”。

8月12日，蓝建枢因北京政府积欠海军粮饷数月，士兵闹饷而自请辞去海军总司令之职。

蓝建枢退职返回故乡福州后，在吉庇巷的府邸度过晚年。

1929年，蓝建枢病逝。

蓝建枢故居位于福建省福州市鼓楼区南街街道南后街南端东侧，吉庇巷北侧新94号（旧32号）。原为清代建筑，民国时期经蓝建枢修缮过。故居占地面积2000多平方米，有两主座、一花厅，建筑面积1029平方米，坐北朝南。西为主座，东为花厅。门临吉庇巷街，有石框大门。入门往西（左），进第二道门，为南面主座，共二进。有天井，三面环廊。第一进正厅，面阔三间，进深七柱，穿斗式木构架，双坡顶，厅左、右有厢房。