1755年11月1日上午9点40分，里斯本市发生强烈地震，四次震动使得半个里斯本变成废墟（蓬巴尔自己的房子幸免于难）。接踵而来的混乱中，下层平民们开始肆无忌惮的抢劫。葡萄牙国王自己也间不容发的逃避死亡。部长们作何反应？蓬巴尔回答：“掩埋死者，拯救生者。”国王授予他全权。

蓬巴尔采取果断措施重建市区。他设置军队维持秩序，建立帐篷和营房容纳无家可归者，下令对抢劫死者的人当场格杀。他将供应品的价格固定于地震前的市价，他强迫进口之船泊卸下食品，以同等价格出售。他表现出政治家的才干和智慧使得他在内阁之中的权力根深蒂固。

1758年蓬巴尔利用葡萄牙国王遇刺事件，把贵族中他的政敌阿维耶若公爵、塔沃拉侯爵及其他们的家人处死，巩固了自己的地位。蓬巴尔规定不许宗教裁判所对异端进行审判定罪，未经政府同意不许对个人判处死刑。为削弱教会对国王的影响，赶走了国王若泽一世身边的耶稣会告解神父；没收耶稣会财产，勒令所有耶稣会员离开葡萄牙。葡萄牙耶稣会首脑马拉格里达神父被判犯有异教、诽谤、不敬神、伪造神启欺骗人民，于1761年9月20日被绞死。一系列举动削弱了贵族和宗教的势力，加强了王室权力。也就在这一年开始，蓬巴尔废除3/4的妨碍司法行政的琐细岗位。法庭变得更易为人民所接近，诉讼费用降低。同一年，他重整国库，要求平衡每星期之财政收支，命令市随手和支出要做财务审核，并且于最艰难的方面有些进展——宫廷奢侈浪费之减少：80名负责前国王约翰五世的厨师被解雇，新王若泽一世只保留20名厨师。