刘宗周的思想体系，基本上可以认为是信奉王阳明“心学”的。但他又提出了许多不同于王阳明“心学”的思想，如他的“离气无理”、“道不离气”的本体论；“良知不离闻见”，“求道之要莫先于求心”（《刘子全书》卷十九）的认识论；“形气为本”，“人心、道心只是一个心”（《中庸首章说》），把人欲看成是人的生理自然要求的人性论；所创“慎独”之说，力倡“诚敬”，以补救王阳明“致良知”理论的弊端（参见本书“刘宗周”条）。

刘宗周是晚明著名学者，从其学者颇众，形成蕺山学派。在蕺山学派的弟子中，以黄宗羲和陈确最有影响，他们发挥师说，提出了许多背离宋明理学的思想观点。如黄宗羲发挥刘宗周的本体论哲学思想，反对宋儒的“理在气先”之说，认为“通天地，亘古今，无非一气而已”（《太极图讲义》）；在《明夷待访录》提出许多社会改革的思想。陈确则发挥师说，提倡“事事求实”的学风，强调“理”和“欲”不可分，从人的自然本性出发考察人欲的合理性，提出“天理正从人欲中见”（《瞽言·无欲和圣辨》）。