1979年入伍，先后就读于中国人民解放军军械技术学院、中央党校、北京大学、国防大学、中国科学院，获工学学士 、管理学硕士学位，中国科学院在读博士研究生。

历任干事、指导员、总政办公厅研究员、副局长，济南军区某师政治委员等职务。

2010年夏天，薛君赴中国人民解放军第20集团军工作，后任中国人民解放军陆军第20集团军政治部主任。

2014年9月，任中国人民解放军第20集团军政委。

2017年8月，任中国人民解放军南海舰队副政委。

2017年8月18日，为庆祝中国人民解放军建军90周年和喜迎党的十九大，开封市举行第二届军民融合篮球友谊赛。得知篮球友谊赛开幕的消息，原20集团军政委、现任南海舰队副政委薛君少将当天一大早发来问候和祝愿。