藜芦科的学名Melanthiaceae由模式属爪藜芦属学名Melanthium（现为藜芦属Veratrum的异名）的复合形式Melanthi-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名与模式属爪藜芦属中文名不一致，因为爪藜芦属（虽然现在处理为藜芦属的异名）非东亚原产，故改用东亚原产的藜芦属（Veratrum）命名。除归并入本科的白丝草科等科之外，本科又有中文别名黑药花科，亦来自爪藜芦属的别名“黑药花属”。