1904年10月24日毕业于陆军士官学校第16期步兵科，同年11月1日授予步兵少尉军衔，任步兵第32联队附，参加日俄战争。后历任步兵65联队附、中队长，独立守备第2大队附，步兵第4联队中队长，步兵61联队附、大队长，步兵第44联队附，松本联队区司令部员。1930年8月晋升为步兵大佐大佐，转入预备役。九一八事变后来到中国东北历任大同学院学监，靖安游击队副司令，靖安军司令官。1933年3月授予满洲国陆军少将军衔。后任热河支队长，1937年8月21日张家口战役中，伪满靖安军司令、热河支队长藤井重郎在黑鞑营子西侧高地察看地形时，被第1机枪连班长李玉峰击毙（ 《日本关东军侵华罪恶史》 ）。战死后，追晋日本陆军少将、满洲国军中将。

长子陆军兽医大尉藤井毅，第三子陆军大尉藤井信（陆士57期，战死）。