伊周的骄纵让一条天皇不满，给了政敌可趁之机。并且，伊周才刚当上内览，就发布了节约令，对公卿束带装（朝服）的后摆的长短做了详细而严格的规定，引来了公卿的批判，人们十分质疑他有无执政的器量。天皇之母东三条院藤原诠子更说：“如果是这孩子执政，将耽误国事。”又同年4月5日，伊周被赐予等同于关白的随身仪仗后，10日其最大的后盾父亲道隆死去。

道隆死后，在东三条院的干预下，他的同母二弟藤原道兼就任关白和藤原氏族长（氏长者），而非伊周，令伊周十分不快。可是，因为天花流行的原因，藤原道兼在拜贺仪式后仅仅7天就因病去世。此后，对于谁来继任后任关白，伊周和道长开始了政治斗争。结果有东三条院支持的道长取得初步胜利，获得了文书内览的宣旨，并超越伊周的官位升任右大臣，同时任氏族族长，又得到了“天下执行”的宣旨。据《大镜》记载，对结果深感不满的伊周经由深受一条天皇宠爱的皇后妹妹定子，夜闯御殿向一条天皇哭诉，又欲求见疏远自己的姑母东三条院。

此后二人争斗持续升级。首先是因座位之争，二人激烈争执，骂声令在座的其他公卿都深感恐惧。三天后，伊周的同母弟隆家的侍从和道长的侍从在京都的大路上发生械斗。一个月后，又发生了道长的侍从秦久忠被隆家的侍从杀害的事情。与此同时，道隆的岳父，也即伊周的外公、从二位高阶成忠诅咒道长的流言也四处传播。

长德2年（996年），京城内发生了一件大事。据说，藤原伊周当时和太政大臣藤原为光的三女有来往，而已经退位的花山天皇与为光的四女有来往。伊周误以为花山法皇在打三小姐的主意，于是和弟弟隆家谋划，在道路旁埋伏，他们的侍从放出的箭矢不甚穿过了法皇的衣袖。尽管当时的贵族之间因争风吃醋而动手并非新鲜事，但由于法皇被牵涉其中，很快演变成了政治事件。

一直在等待扳倒伊周的机会的道长最快做出反应，在正月25日举行的县召除目仪式时就命令撤去伊周的坐垫。长德2年2月5日，一条天皇允许检非违使别当藤原实资对伊周的宅邸和伊周家司、手下的宅邸进行搜查。2月21日又在阵定中当着群臣的面，道长传达了由天皇命头中将藤原齐信传达的写有伊周和隆家的罪行的宣旨。同年4月1日，法林寺的僧人奏报伊周未经允许私修大元帅法。同时，伊周诅咒东三条院的传闻喧嚣尘上。

因此，到了同长德2年4月24日，因箭射法皇、诅咒东三条院、私修大元帅法三大罪名，在除目时，伊周左迁大宰权帅，隆家左迁出云权守。二者的异母兄弟、外戚高阶家以及皇后定子的乳母子源方理亦不同程度受了牵连。

受事件的影响，定子退出了后宫，居住在私邸二条北宫，伊周此时也住在这里。左卫门权佐惟宗允亮向伊周传达流放的命令，伊周称病不出。他与妹妹寸步不离，数次违抗命令，局势胶着。到了长德2年5月1日早朝，朝廷发布谕旨，允许搜索中宫御所，检非违使带于是着武士冲入二条北宫。然而此时被捕的只有隆家，没有找到伊周。对伊周的下落，详细描写了事件经过的《荣华物语》是这么描述的：伊周前往春日大社（藤原氏的神社）和木幡的父亲的墓地参诣，3天后以僧侣的样子回来了。数日后，伊周和隆家出发前往流放地。伊周的母亲贵子强烈希望能和儿子同行却不被允许，随后便卧病在床。途中因伊周生病，天皇怜悯，准许伊周停留在播磨国。十月初，伊周因挂念病重的母亲，秘密潜入平安京，隐匿在西京，但由于被平孝义告密于同月11日被逮捕，再度被护送前往大宰府。路途中，其母贵子于京都去世。

同年12月，妹定子在失意和悲叹中，生下了一条天皇第一皇女脩子内亲王。由于天皇强烈希望定子再度入宫，东三条院也病气缠身，朝廷遂在长德3年（997年）4月5日，以为女院祈求康复为理由大赦天下，大宰权帅伊周、弟出云权守隆家因此被赦免罪行，官复原职。伊周在这一年的年底回到了京城。

伊周复归后，定子在长保元年（999年）11月7日生下了第一皇子敦康亲王，伊周为复兴家族的契机到来而兴奋不已。巧合的是在皇子出生的同一天，藤原道长送入宫中的长女彰子被封为女御。道长以藏人头藤原行成为说客，劝女院、天皇立自己的女儿为皇后。最终，在长保2年（1000年）2月25日，彰子立后，称中宫。原来被称中宫的定子改称皇后。史无前例的“一帝二后”局面诞生了。

接连被噩耗打击、苦心劳累的定子于同年12月15日夜生下第二皇女媄子内亲王后，因胎衣不下在第二日午夜崩御。侍奉皇后御产的伊周抱着还保持着座产的姿势便就此死去的妹妹的遗体痛哭不止。在皇后出葬的日子，行走于大雪中的伊周，吟咏了了悲伤的和歌。

长保3年（1001年）润12月16日，东三条院诠子因重病缠身，敦促一条天皇恢复侄子伊周的本位（正三位）。六日后，东三条院崩御。就在同一年，伊周任一条天皇后宫的女官的同母小妹，受宠而有孕。伊周狂喜，但小妹却最终不明不白死去，母子两失。身为东宫女御的二妹原子，也在小妹死后不久，突然吐血身亡，无子女。短短数年中，伊周痛失多位至亲。

宽弘5年（1004年）9月22日，伊周升任从二位。宽弘2年（1005年）2月25日，伊周的官位被定为大臣以下、大纳言以上，这是一个模糊的概念。翌月26日，再次被获准升殿。4月24日伊周秘密参内与天皇见面，11月13日参加了朝议。

从长保年间到宽弘初年，伊周在渐渐回归朝堂。其原因是因为当时道长的女儿彰子还未生下子嗣，而以天皇唯一的儿子、也即伊周的外甥敦康亲王为养子，道长也不敢怠慢亲王。如果敦康亲王即位，伊周作为天皇的舅舅将拥有绝大权力，因此公卿贵族们白天侍奉道长，夜晚秘密到伊周的府上交流，两边都讨好。

这样的现象在宽弘5年（1008年），彰子生下第二皇子敦成亲王后绝迹。敦成亲王的诞生，也给了一心期盼外甥敦康亲王即位的伊周致命的打击。此前，伊周刚在同年正月16日获封准大臣，得封户千户，此后称“仪同三司”，在朝议时也拥有发言权。心存忧虑的他，出席了敦成亲王的百日祝仪，自请为写作和歌序，震惊了在座的人。当时他所写的这篇序文，被编入《新撰朗咏集》中，是一篇十分精彩的文章，但当时人人都对伊周的这个举动有微词。

同6年（1009年）正月7日，伊周升任正二位。翌月20日，发生了伊周的姨母高阶光子诅咒中宫和新生皇子的事件，高阶光子入狱，伊周被罚停止朝参。四个月后，事情告一段落，伊周又重新恢复朝参，并获得了带剑上殿的特殊待遇。同年11月，中宫彰子生下第三皇子，敦康即位的希望似乎更加渺茫了。

在这样的失意情绪中，宽弘7年（1010年）正月28日，伊周37岁壮年而没。临终时，他给予被他当做未来的皇后培养的两个女儿的遗言是“不能误身于人，辱没了父母的名声”，对儿子藤原道雅的遗言是“与其仰人鼻息生活，不如出家归隐山林。”并将他托付给了弟弟隆家。

伊周死后，他的宅邸室町第被盗贼洗劫一空，最终荒废了。

身为才女高阶贵子的儿子，伊周的汉学修养很高，在一条朝拥有很高的才名，很年轻时就能为一条天皇讲解汉籍。《本朝丽藻》、《本朝文粹》、《和汉朗咏集》等文集多有收录他秀逸的汉诗文。其充满感情、富于描绘的笔法在当时打动了许多人。与伊周同时期的私撰史书、“四镜”之一的《大镜》认为虽然他的人生失意是因为他自身器量不足导致的，但也为学识丰富的他生在日本这样一个小国感到可惜。

伊周的容姿在侍奉其妹定子皇后的著名女作家清少纳言的随笔《枕草子》里多有描绘，在清少纳言笔下，伊周是一个才华横溢的贵公子形象。体贴他人，曾在一个夜晚清少纳言退职后因为天黑路滑而陪伴清少纳言回到她的居所。

另外，《荣华物语》也多有记载他华美的容姿。

伊周的汉诗作品，见载于高阶积善编纂的《本朝丽藻》、《和汉朗咏集》。其他赋文等见《本朝文粹》。自有和歌集《仪同三司集》，已散佚。《后拾遗和歌集》等敕撰集中共收录其所做和歌六首。

伊周嫡子道雅与三条天皇皇女当子内亲王相恋，惹三条天皇大怒，最终被迫分离。此后道雅官途不顺，又多由乱行，因有“荒三位”的诨名。长女成为了道长的次子赖宗的正室夫人，生下了包括左大臣藤原俊家、大纳言藤原能长在内的三子三女。

祖父：藤原兼家（929——990）

祖母：藤原时姬（？——980）

外祖父：高阶成忠（923——998）

父：藤原道隆（953——995）关白

母：高阶贵子（？——996）又称高内侍、仪同三司（即伊周）母

叔父：藤原道兼（961——995）、藤原道长（966——1028）

姑母：藤原诠子（东三条院，962——1002）

正室：源重光之女

侧室：源致明之女

长子：藤原道雅（992——1054） 母源重光之女

长女：藤原赖宗之妻（？——1034） 母源重光之女

次女：藤原周子（帅殿の御方） 母源重光之女，出仕上东门院藤原彰子

子：藤原显长 母源致明之女