摄政关白太政大臣藤原忠通长女、母北政所从一位藤原宗子（权大纳言藤原宗通之女）。大治三年（1128年），叙从三位。四年（1129年），为女御。五年（1130年）二月，立为中宫。后冷泉天皇四条后藤原宽子之后，执政之女没有为后之人，已经八十年。藤原圣子立为中宫，时人以为藤原中兴。圣子患腹胀，以为有孕。到产月，修法祈祷，既而水出复常。遂无子，养近卫天皇为子。近卫天皇即位，尊为皇太后。久安六年（1150年），上号皇嘉门院。崇德天皇流放赞岐，圣子断发为尼，法名清净慧。养和元年（1181年）十二月，圣子于九条殿驾崩。年六十一岁。葬在最胜金刚院。