一开始担任内舍人、修理少进（为修理职，令外官），延喜四年（904年）升从五位下。过后先后担任左马头（属于马寮，即养马官分左右两个马寮，唐名典厩）、左卫门权佐（卫门府官员）、右少将（近卫府官员，相当于正五位下）。然后他历任纪伊、播磨、赞岐、摄津、丹波、大和等畿内国及周边诸国的地方官。天庆二年（939年）他担任参议（唐名宰相、相公），位列公卿。

天庆三年（940年），关东平将门反叛，他被任命为右卫门督、征东大将军，他以68岁的高龄率军征讨叛军，平贞盛、藤原秀乡协助他出兵，平将门被藤原秀乡一箭射死。天庆四年（941年），天皇任命他为征西大将军，派他前往濑户内海剿灭藤原纯友的叛乱，藤原纯友被擒后于同年6月死于狱中。

天历元年（947年），藤原忠文病死，享年七十五岁（虚岁），最终官位正四位下・参议、民部卿兼纪伊权守，死后追赠正三位行・中纳言。他是猎杀马、鹰的高手。