保安三年（1121年），藤原忠通之父藤原忠实触怒白河法皇，因而白河法皇将原属藤原忠实的关白、藤氏长者转授藤原忠通。保安四年（1122年），进从一位，拜左大臣。保安五年（1123年），崇德天皇即位，藤原忠通任摄政。大治三年（1128年），拜太政大臣。

藤原忠实偏爱次子藤原赖长，与藤原忠通不合。久安六年（1150年）藤原忠实希望让藤原赖长担任内览，藤原忠通则向鸟羽法皇表示反对，此举令藤原忠实大感愤怒，认为藤原忠通“不孝”，派人至藤原忠通家中，夺取朱器台盘（藤氏长者的信物），授予藤原赖长。其时藤原忠通正欲为嫡子藤原基实举行加冠礼，因藤原氏长者的地位被夺而中止；而后嫡子藤原基实元服礼、次子藤原基房著袴礼，都只有少数公卿与会。在近卫天皇在位期间，藤原赖长（时任内览左大臣氏长者）的权势压过任关白的藤原忠通。