天武天皇九年（680），藤原武智麻吕出生在藤原氏位于大原的祖宅。还在年少时，武智麻吕的才能就得到了穗积皇子的认可。大宝元年（701），武智麻吕被任命为内舍人。次年，升为中判事。大宝三年，武智麻吕因病辞去中判事之职。四年，武智麻吕被任命大学助。庆云二年（705），武智麻吕迁为从五位下。翌年，再迁为大学头。和铜元年（708），武智麻吕任图书头兼侍从。历经藤原京迁都（和铜三年）等大事之后，奈良朝文事荒废，武智麻吕与其长官百济王良虞一起，集合硕学之士，对文化复兴做出了很大贡献。和铜四年，升为从五位上。和铜五年，武智麻吕任近江守。和铜六年，迁从四位下。和铜八年，再迁为从四位上。养老二年（718），武智麻吕担任式部卿，掌握了官员任命的实权。翌年正月，武智麻吕升至正四位下，并任东宫傅，主要承担首皇子的教育工作。养老五年，长屋王任右大臣时，武智麻吕晋升为从三位中纳言。同年，兼造宫卿。神龟元年（724）、首皇子即位成为圣武天皇之后，武智麻吕与其弟房前一同升至正三位。神龟五年晩秋，武智麻吕召开诗文会，当时的学者皆以能踞一席之地为荣。在神龟六年的长屋王事件中，武智麻吕与舍人亲王、新田部亲王等一起被派往长屋王的府邸究问其罪行。长屋王自杀之后，武智麻吕升为大纳言，完全掌握了政权。天平三年（731），武智麻吕代死去的大伴旅人兼任大宰帅。天平六年，再升为从二位右大臣。天平九年，武智麻吕患上了当时流行的天花，七月二十五日，临终的武智麻吕在床上接受了正一位左大臣的任命后死去，时年57岁。