为了达成目的，在收到草薙的情报“「SOL技术公司」在寻找神秘AI程序，可能会展开大规模的扫描”后，游作推断出「汉诺骑士」也在寻找神秘AI程序，认为其可以作为对抗「汉诺骑士」的王牌，于是在网络上布下陷阱进行捕捉，捕获了「汉诺骑士」和「SOL技术公司」都想得到的「神秘生命体」伊格尼斯，并将其封在决斗盘中，变身进入LINK VRAINS，并以伊格尼斯为赌注和「汉诺骑士」展开决斗。因神秘AI程序认为游作赢不了，便解放「电子界数据素材（Cyverse Data Material）」产生「数据风暴（Data Storm）」，游作进行了「高速决斗（Speed DueL）」，在游作因受到「DDOS攻击」的效果伤害摔下滑板将要坠地时，【蓝色天使（Blue Angel）】用鞭子将D滑板抽到游作身边，救了他一命。

通过神秘AI程序的引导下【Playmaker】在生命值削减到1000以下后在「数据风暴」中使用了自己的技能「风暴访问Storm Access」获得了「解码语者」击败了汉诺骑士。在神秘AI程序处理掉准备与【Playmaker】同归于尽的汉诺骑士后，【Playmaker】拒绝了【GO鬼冢】和【蓝色天使（Blue Angel）】的决斗挑战并登出了LINK VRAINS，因与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击，【Playmaker】作为拯救了LINK VRAINS的英雄而成为了一大话题。

在前所未有的高速决斗里，【Playmaker】向世人中展现了英勇的姿态，更以强大的力量将「汉诺骑士」击倒，成为LINK VRAINS的英雄人物而受到极大关注。

游作开始对隐藏于神秘AI程序身上的秘密进行调查，听取了草薙的意见将其取名为【Ai】。通过解析读取Ai的记忆，游作看到了五年前Ai与【左轮】的战斗，与此同时，游作感受到了【左轮】探知到了Ai的位置，让草薙关闭电源得以不暴露其方位。在车外，游作用肉眼看到了在LINK VRAINS中【左轮】乘着「枪管上膛龙」在寻找艾的景象。在游作要分解Ai的程序的威胁下，艾告诉游作五年前与其战斗的人是『汉诺骑士』的首领——【左轮】。游作意识到【左轮】是自己应该打倒的对手，而且自己并不是第一次体验到高速决斗。并察觉到艾的存在、「数据风暴」、「汉诺骑士」这三者存在着某种联系，认为【左轮】知道过去事件的真相。

在被假扮成汉诺骑士的【GO鬼冢】引入「连接境智网」后，得知只有打倒了【GO鬼冢】才能解除「SOL技术公司」设下的程序离开，【Playmaker】便只好与【GO鬼冢】进行高速决斗。在高速决斗中，【Playmaker】从艾那里了解到从小在孤儿院中长大的【GO鬼冢】在他小时候的孤儿院里做志愿者并一直给那里捐款后，拒绝了用草薙制作的漏洞登出「连接境智网」，认为“既然已经接受了决斗，就不能中途逃离”，在艾的质疑下，【Playmaker】解释了原因——接受了【GO鬼冢】的决斗风格和信念而想和他决斗到最后一刻。在「刚鬼 巨人食人魔」因连接端没有怪兽而无法发动怪兽效果被因为「蜜罐机器人」的怪兽效果不被破坏的「解码语者」破坏后，【GO鬼冢】受到「电子界湮灭」的效果伤害而败。

决斗中两人互相认可了对方。认为鬼冢豪（【GO鬼冢】）是一个真正的决斗者，在与【GO鬼冢】的决斗后，草薙希望让【GO鬼冢】也加入与「汉诺骑士」对抗的队伍中，但游作以不想把鬼冢豪（【GO鬼冢】）卷入与「汉诺骑士」之间赌上性命的决斗为由拒绝了草薙翔一找鬼冢豪一同对抗「汉诺骑士」的提议。在草薙调查出【蓝色天使】的真实身份是「SOL技术公司」安保部长财前晃的义妹财前葵后，认为如果能和她混熟，或许能从财前晃那里打听到游作失去的记忆和他弟弟的线索。在草薙与艾一致认为游作不可能与葵接触后，游作决定要接近调查葵。

为了进一步了解SOL社的意图，游作决定向SOL社的安全部长的妹妹，【蓝色天使】的真正身份财前葵入手。在艾找到葵后，游作跟踪葵发现她进入了决斗部的活动室后，碰到了同是决斗部部员的岛直树，岛直树认为游作是想来加入决斗部的，并认为对「连接境智网」不感兴趣的游作是不可能入部的。这时被决斗部部长细田当作想入部的人而被邀请了进去，游作本想拒绝，但是被艾用假装游作的声音同意了。进入活动室后，游作知道了葵也是决斗部的部员，发现决斗部的成员都在使用新型决斗盘，岛直树解释说因为葵的义兄财前晃是「SOL技术公司」的大人物，就优先提供给决斗部用了。因为葵发现游作使用的是和【Playmaker】一样的收纳卡片式的旧决斗盘，提出要查看游作的卡组，游作将伪装用的卡组交给了葵查看。游作在广场上的大屏幕里看到了【蓝色天使】在「连接境智网」里向【Playmaker】宣战后，游作拒绝了决斗，表示他只会和「汉诺骑士」进行决斗。因为没有接受【蓝色天使】的决斗挑战，【Playmaker】的行为在网络上引发了舆论，但是游作本人表示并不在意。

在经过一番接触后，游作并没有发现突破口，但艾隐约觉得有不妥，于是私下向【蓝色天使】发出决斗邀请。在艾骗游作说有汉诺骑士出现而把他引进「连接境智网」后，【Playmaker】发现【蓝色天使】在「连接境智网」里等他，从【蓝色天使】口中得知了艾假装自己给葵发了决斗挑战的信息，艾表示这样做的原因是因为从【蓝色天使】的卡组中感觉到了「汉诺骑士」的气息，【Playmaker】便接受了【蓝色天使】的高速决斗挑战。

决斗中【蓝色天使】的攻势让游作感到吃不消，在【蓝色天使】逐步削减对方生命值的战术下，【Playmaker】一直处于不利的下风，在被步步紧逼的情况下，【Playmaker】察觉到【蓝色天使】身上「汉诺骑士」的气息在逐渐变强。在【蓝色天使】抽到「暗黑安琪儿」后，发现其状态变得很不稳定，艾认为是「汉诺骑士」在卡上动了手脚。

然而在逆转优势后，【蓝色天使】却使用了「暗黑安琪儿」，在使用后受到程序的影响而暴走，在【蓝色天使】不断暴走后，艾提醒【Playmaker】如果让她继续暴走下去就会受到精神伤害，要尽快速战速决。 在【蓝色天使】意识逐渐变得模糊后，【Playmaker】用技能获得「编码语者」击败了「淘气仙星 霍莉安琪儿」。虽然游作最终将【蓝色天使】打败，但【蓝色天使】以及现实世界的财前葵都陷入了昏迷。在与其决斗后，【蓝色天使】从滑板上摔下折翼坠地，艾吃掉了【蓝色天使】身上「汉诺骑士」的程序，【Playmaker】为了防止被「SOL技术公司」的无人机发现，登出了「连接境智网」。回到现实后，游作在学校的天台上发现了昏迷的葵，游作只能将她送到医院治疗。

游作把她送到了医院并通知了晃。在医院里，晃感谢了游作并询问了他的名字，游作告诉了晃他的名字。草薙入侵了医院的数据调查葵的诊断记录，说葵因不明原因而昏迷，似乎不是身体上的问题。艾认为原因是能入侵大脑对其进行控制的电脑病毒，通过「连接境智网」的系统感染了决斗者，而且要删除病毒需要「汉诺骑士」的删除程序，不可能会轻易入手。

愤怒不已的财前晃设局要将【Playmaker】捕获，游作明知是陷阱仍毅然前往。在这时，本应昏迷的【蓝色天使】再次出现，并要求与其再战，草薙认为这是个陷阱想阻止游作去，游作认为自己有责任对这件事负责不顾草薙和艾劝阻进入「连接境智网」。在「连接境智网」中，【Playmaker】一眼看出这个【蓝色天使】是假冒的，假【蓝色天使】用特制的陷阱捉住了【Playmaker】，并将除了「SOL技术公司」的紧急摄像头外的所有的接收线路切断。假【蓝色天使】揭示了自己的身份——【幽灵少女】，并告诉【Playmaker】这个陷阱除了她的雇主谁也解不了，而【幽灵少女】的雇主正是「SOL技术公司」安保部长财前晃，【Playmaker】向晃解释【蓝色天使】的昏迷并不是他的原因，但是晃根本听不进去他的解释。在晃折磨【Playmaker】逼他交代期间，「汉诺骑士」的首领【左轮】突然现身，要求晃放开【Playmaker】，【左轮】操控着「数据风暴」对「连接境智网」大肆破坏，表示只要他想破坏「连接境智网」是很容易的。并表面了【蓝色天使】昏迷的真相，他是为了得到艾而利用【蓝色天使】下了电脑病毒当作人质，并以【蓝色天使】的病毒删除程序作为赌注要求和【Playmaker】进行决斗，赢了他就会交出删除程序，而如果晃先回收了艾则【蓝色天使】永远也醒不过来。处于被动的财前晃和游作最终答应了进行决斗。在晃放开【Playmaker】后，【Playmaker】决定与【左轮】决斗。晃叫住了前去的【Playmaker】，询问他为什么会为理应憎恨的自己而战，【Playmaker】表示并没有恨晃，他憎恨的只有「汉诺骑士」。

在决斗中，【Playmaker】从【左轮】那里得知艾是一种叫做「伊格尼斯」人工智能，还得知了【左轮】做的一切都是为了抹杀艾和电子界，熟练地操控着滑板进行高速决斗的【左轮】一开始就使「破解龙」用展开攻势，而游作随即用「解码语者」将其击倒。那之后，在【左轮】将生命值削减到1000以下后，【左轮】使用了能力和【Playmaker】相同的技能「风暴访问」，让众人非常惊愕。在巨大「数据风暴」里唤醒了强大的连接怪兽「拓扑逻辑轰炸龙」，一瞬间便将【Playmaker】的怪兽全部消灭，【Playmaker】好不容易才守住了局面。在勉强挡住了「拓扑逻辑轰炸龙」的怪兽效果后，为了逆转劣势，【Playmaker】也使用了「风暴访问」，艾认为只有使用「风暴访问「在更大的「数据风暴」中拿到比【左轮】的怪兽更强的怪兽才赢过【左轮】。便解放「电子界数据素材』」生了巨大的「数据风暴」，【Playmaker】从「数据风暴」中获得了「防火墙龙」。但刚要展开反击之际，【左轮】马上发动「远程苏生」，因「电容跟踪杀人蝎」的怪兽效果，两人的生命值同时归零，两人的决斗以平局中断，随后都被「数据风暴」卷入。在【Playmaker】被卷入「数据风暴」中心后，【左轮】决定用「大师决斗（Master Duel）」来定胜负。

进入「数据风暴」的游作再次与【左轮】相遇，并且展开了大师决斗。【左轮】以连接封锁的固守战术迫使游作作出反应，游作只能随机应变。但在「解码语者」和「编码语者」同时存在之时，【左轮】设下的陷阱便得以启动，因为【左轮】的场地魔法「天火的牢狱」的针对电子界族的效果，【Playmaker】场上的怪兽效果被无效，不能攻击和被攻击，电子界族怪兽全部消失，连决斗盘搭载的艾也失去了意识。【Playmaker】从【左轮】的口中得知，艾是有意识的AI，并创造出了电子界，开始一步步支配网络。【左轮】更进一步召唤出真正的王牌「枪管上膛龙」， 对游作造成了致命一击。在【Playmaker】收到「枪管上膛龙」的攻击冲击后，几近倒下的游作脑海中浮现出过往的零碎记忆，有一把想不起来但是非常熟悉的声音（后证明为小时候的【左轮】），让游作想起了自己战斗的意义，发现自己从那时开始便拥有感知网络的能力——「链接感知（Link Sense）」。最终重新站了起来。

游作知道电子界并没有真正消失，因此将场上全部的电子界怪兽作为素材，召唤出从「数据风暴」得到的新王牌「防火墙龙」，打破【左轮】的战术，场地魔法「天火的牢狱」被破坏，艾回到了【Playmaker】身边。【左轮】眼见战术被破解，马上转守为攻，向游作发动猛击。虽然「枪管上膛龙」的真正力量非常强大，但【Playmaker】依然从容地破解了【左轮】的攻势，两人的决战迎来了关键的决胜回合。在最后一个回合，【Playmaker】说出了自己要在这场决斗中取胜的三个理由，发誓要报过去所发生事件的仇，击溃「汉诺骑士」了解一切真相。最后【左轮】受到「防火墙龙」的攻击而战败。被艾吞食了数据的【左轮】通过鸿上博士的程序而离开，并遵守约定给了【Playmaker】删除程序，表示这场决斗只是个开始。【Playmaker】使用了删除程序，【蓝色天使】从「连接境智网」中登出并苏醒了过来，之后便一言不发的登出了「连接境智网」。在回到现实后，游作思考【左轮】说过的“意志才是生命”，推断出艾是活着的。与此同时，艾解析完了自己从【左轮】那吞食的程序，恢复到了其原本的姿态。在结束与【左轮】的激斗后，游作和草薙一起分析关于艾的情报。游作对AI如果拥有了思想会变成怎样这一问题表示很在意。之后游作帮助草薙删除网上所有关于【Playmaker】的信息。

游作收到了草薙叫他紧急集合的消息。草薙表示在黑客论坛上看到了【幽灵少女】（Ghost girl）】发给他的消息，要求【Playmaker】与她进行赌上艾的决斗，如果【Playmaker】胜利就能得到入侵「SOL技术公司」数据库的漏洞。为了得到十年前事件的线索，【Playmaker】便接受了【幽灵少女】的挑战。在决斗中，「连接境智网」里刮起了猛烈的「数据风暴」，【Playmaker】和【幽灵少女】一起进入了「数据风暴」中。在【Playmaker】发动技能时，【幽灵少女】因为「数据风暴」过于猛烈而无法控制从D滑板上摔了下来，【Playmaker】救下了【幽灵少女】。【Playmaker】发动从「数据风暴」中获得的「余码语者」的效果，封锁了【幽灵少女】的两格主怪兽区，使其无法发动手坑阻挡攻击，同时解放了「扫描人偶」发动怪兽可以攻击两次的效果，击败了【幽灵少女】。结束后，【幽灵少女】向【Playmaker】表达了自己的心意，并按照约定把入侵「SOL技术公司」数据库的漏洞交给了他。在学校里，游作了解到葵已经缺席了很长一段时间，而且也没在「连接境智网」中出现了。游作表示对她不能再决斗而感到可惜。放学后，草薙与游作进行攻略「SOL技术公司」主电脑的行动。草薙认为主电脑的中心部分有十年前事件的线索，游作便变身前往主电脑的中心部分。在【Playmaker】即将突破A区域时，主电脑里出现了「数据风暴」，而且【Playmaker】被安保陷阱发现了。与此同时，【Playmaker】遇到了现任安保部部长北村制作的AI决斗程序——原型机A、B，【Playmaker】决定与原型机A进行决斗。在【Playmaker】被原型机A步步紧逼时，原型机B则瞄准【Playmaker】的决斗盘想要抢过去。紧急关头，【蓝色天使】出现，救下了【Playmaker】，并向AI决斗程序提出挑战。

在从数据风暴中得到「矢量恐吓恶魔」后打败了AI决斗程序后，游作到达了深处的数据库，却发现提前到达的晃在等待着他，两人发生意见冲突后展开大师决斗。中途葵出现询问游作和晃有关十年前的事，游作说出了有关他的痛苦过去，和其他五个孩子一同被诱拐，是「LOST事件（汉诺计划）」的被害者之一。半年后被救出。晃透露出数据中有主谋的姓名。之后【Playmaker】以「电脑网后门」的效果复活「防火墙龙」，以安全守卫者的效果诱导财前晃发动热尔岗的终焉效果自爆打破了欧拉回路的攻击封锁，随即用「恢复巫师」的效果复活「安全守卫者」后用「防火墙龙」的效果返回晃墓地的「廷达魔三角之猎犬」和「廷达魔三角之天使」，用「防火墙龙」击败晃，得到「SOL技术公司」数据，得知「LOST事件」的主使者为鸿上圣博士，但是数据中却出现鸿上圣博士七年前就已经死亡的消息。

之后游作在「异身」事件中与「汉诺三骑士」中的【浮士德】展开对决，于数据风暴中得到「电源代码语者」后取胜，察觉到了艾的不对劲。

「汉诺三骑士」阵亡后，游作对于「异身」事件中【左轮】没有现身这一点抱有疑问，为了解开那个疑问而进去「连接境智网」开始调查，那边遇见同样进行调查的【幽灵少女】。随后俩人在内部发现了存在异变的地方。对「连接境智网」的地下展开调查的【幽灵少女】与现身于她面前的【左轮】之间的决斗开始了。【幽灵少女】败给了【左轮】，消失前把得到的数据交给了游作，并提醒游作，【左轮】拥有一张非常可怕的卡。

在汉诺塔事件正式开启后，为了阻止汉诺骑士的计划，【Playmaker】与【GO鬼冢】和【蓝色天使】分头行动前往汉诺塔深处阻止【左轮】。

在【蓝色天使】被【亡灵】打倒后，【Playmaker】与【亡灵】展开交锋，了解到了【亡灵】与自己同样是LOST事件的六个孩子之一，对【亡灵】选择帮助汉诺感到不解，但依旧决定将其打倒。

【Playmaker】展开了连接召唤的连环攻势，皆被【亡灵】的「圣天树」组合化解，一度陷入困境，最终想出了通过「余码语者」封锁怪兽区域的能力展开反击，却因为财前晃被【亡灵】抓为人质，而不忍展开进攻，转为防守；最终财前晃选择自尽来让【Playmaker】斩断迷惘，看到牺牲的财前晃，【Playmaker】悲愤交加，决定为晃期待他的胜利而战，最后以连接虐杀的效果将【亡灵】一击打倒。

在汉诺塔前，【Playmaker】目睹了【左轮】与【GO鬼冢】的决斗，了解到原来【幽灵少女】所提到的【左轮】所拥有的可怕的卡，竟然是克制连接怪兽的「神圣防护罩-反射镜力-」，最终【左轮】以新王牌怪兽「枪管刺刀龙」将【GO鬼冢】击溃，与【Playmaker】展开决战。

【左轮】与【Playmaker】在汉诺塔前展开高速决斗，期间了解到了艾的来历和自己被欺骗的真相，却依然坚持以决斗做出了结，面对「神圣防护罩-反射镜力-」的威胁，【Playmaker】以「容错金箔枪兵驹」的效果来应对，但【左轮】早有准备，破解了【Playmaker】的战术，以「神圣防护罩-反射镜力-」将其怪兽全灭，接连的攻势将【Playmaker】逼入绝境。

被【左轮】毫无缝隙的攻击追击著的【Playmaker】明白反击的危险、决定尝试风暴访问，【Playmaker】因为数据风暴的猛烈而导致风暴访问发动失败并且丧失一臂！在瓦砾飞舞的暴风中突进的【Playmaker】那觉悟的姿态让艾下定决心、做为之前欺骗的补偿、为了守护【Playmaker】开始决死的行动，修复了【Playmaker】的手臂，并化身为盾替【Playmaker】阻挡飞舞的障碍物，最终成功发动风暴访问得到「转码语者」一口气逆转战局，但【左轮】同样不甘示弱使用风暴访问，结果和【Playmaker】一样断臂，但借助父亲鸿上圣给他的星尘大道的指引完成风暴访问，从数据风暴中得到了「拓扑篡改感染龙」，使用其效果配合投弹小龙与【Playmaker】同归于尽，两人再度打成平手。

后在现实中和【左轮】的真身——鸿上了见见面，和草薙二人明白了真相并且明白了给他三点指示的人和了却了Lost事件的正是【左轮】，但是由于了见不想AI去掌控人类，和父亲托付给他的东西，导致二人不得不以新大师决斗做个了结......

两人展开了激烈的攻防战，【Playmaker】使用「屏蔽盾处理器」与「余码语者」的效果组合封锁住了「神圣防护罩-反射镜力」的威胁与拓扑逻辑轰炸龙的效果，但【左轮】反过来利用其在一回合内用「拓扑逻辑轰炸龙」「枪管上膛龙」「枪管刺刀龙」「护木枪管龙」「拓扑篡改感染龙」5只连接4的怪兽相互连接达成额外连接状态的壮举，一度将【Playmaker】逼入绝境，但最终被其利用额外链接的阵容使用「零型额外连接」的效果反杀，自此藤木游作打破了命运的囚笼，【左轮】落败后汉诺塔崩坏，游作目送着鸿上了见乘着游艇离开了DEN市。因与汉诺骑士的因缘告一段落，游作释放了决斗盘里的AI。

伊格尼斯反叛篇

「连接境智网」在【Playmaker】的活跃之下虽然恢复安定，但因为「汉诺骑士」的计划而受到毁灭性的损害。SOL技术公司在此重建「连接境智网」后开放「新生连接境智网（NEO LINK VRAINS）」。脱胎换骨的决斗世界中人们发出欢呼，再次充满了活力。然而，就在那「新生连接境智网」里，理应是救过网络的【Playmaker】反而遭到悬赏通缉，在得知草薙仁被袭击后，游作再度化身为【Playmaker】挺身而出。

【Playmaker】追赶着袭击了草薙的弟弟仁的神秘人，并和他展开了决斗。但是，神秘人使用的未知卡令【Playmaker】陷入苦战，为了取得胜利【Playmaker】使用了艾交给他的新卡扭转攻势，同时首次使用仪式召唤逼的神秘人【鲍曼】显出了真面目，最终从数据风暴中得到「排错代码语者」取胜，继续追击着【鲍曼】兄弟二人，却受到其同伙比特/布特的阻拦，此时神秘的决斗者【Soulburner】出现挡下了战斗，可【Playmaker】最终被拦在了禁止区域外，没能截下【鲍曼】兄弟二人。

转校到游作学校的穗村尊。他的真实身份是帮助【Playmaker】的【Soulburner】。成为游作同级生的穗村尊，开始诉说关于自己的伊格尼斯与电子界世界的崩坏，以及新的敌人，两人决定并肩作战。

两人进入了禁止区域，但成为sol的赏金猎人的【GO鬼冢】，找出了通缉的【Playmaker】和艾,强行要求决斗，【Soulburner】挡在了【GO鬼冢】的面前，而【Playmaker】则遭遇上了【血腥牧人】，两人展开对决。【血腥牧人】的封锁战术让【Playmaker】无法继续推进，而【血腥牧人】对AI充满仇恨，这股恨意转嫁在与艾结成搭档的【Playmaker】身上。最终【Playmaker】使出前所未有的融合召唤战术，以「电子界时钟龙」的爆发攻击其击溃。

【Playmaker】和【Soulburner】来到狂风怒号的悬崖上，依靠不可思议的力量终于到达遗迹并且开始对其展开调查。在遗迹的深处迎接那俩人的是意想不到的人物——【风之伊格尼斯】温迪（Windy）。

【Playmaker】终于找到了【鲍曼】的住处，并为拿回遭人夺取的草薙仁意识而挑战决斗。【Playmaker】在过去与【鲍曼】的决斗中胜利过，于是他一边预测对手的战术一边进行决斗，但面对【鲍曼】得到比以前决斗更大幅度强化之后的决斗，他反被逼得走投无路。随后【鲍曼】开始讲述自己的过去，声称自己才是藤木游作的本意识，而【Playmaker】只不过是LOST事件中备份的数据意识，在一次意外中两人的意识替换，而这次【鲍曼】正是为了夺回自己的身体，【Playmaker】由于改变面貌的【鲍曼】发起的猛攻而受到巨大伤害。即便如此他仍为了胜利而激起斗志，去突破那凶恶「高速驱动龙」的布阵。然而就在这时，【鲍曼】采取了令人吃惊的行动，竟然在大师决斗中使出了技能——风暴访问得到了新的怪兽将【Playmaker】逼入绝境，但【Playmaker】却找出了其记忆中的漏洞，愈发坚信自己的信念，融合召唤出「电子界时钟龙」取胜。

回到现实后得知了汉诺骑士复出的信息，对多方势力群雄割据的形势感到担忧。

不久后在即将落入【血腥牧人】的陷阱中时被【Soulburner】舍身相救，为了营救【Soulburner】接连与剑持和铠坂展开对决并取胜，事后两人一同脱身。

在接到【地之伊格尼斯】——厄斯的邀请后，与其展开决斗。厄斯是以【亡灵】为原型所诞生的AI，但是并没有和【亡灵】有任何联系。游作虽然取得胜利，从厄斯口中得知【水之伊格尼斯】阿库阿（Aqua）的预言，为电子界即将分裂而感到担忧。但是厄斯同时也表示自己并不会站在任何一方，只为了保护阿库阿而存在，因此游作得行动并无太大收获

随着艾突然失踪，而留下的线索指向了伊格尼斯，【Playmaker】靠着连接感知的能力找到了艾的所在，但在那等着他的除了艾以外还有【风之伊格尼斯】温迪与【光之伊格尼斯】莱特宁（Lighting），随着两只伊格尼斯展露出对人类的敌意，艾与【Playmaker】被困于此，在即将被温迪操纵数据风暴抹杀之际，新生的【左轮】突然率领「汉诺三骑士」与【亡灵】前来，并宣言再次回到命运的舞台要将伊格尼斯抹杀，【Playmaker】旁观了【左轮】与温迪的决斗，期间【左轮】揭露了温迪凶恶的一面，最终在使用了新的同步召唤战术，以新王牌怪兽——「枪管上膛狞猛龙」将其击溃，众人得知了草薙仁便是莱特宁的原型。

在与莱特宁的交涉破裂后双方开战，【鲍曼】再次挡在了【Playmaker】面前，并说出了自己是莱特宁创造的第三代AI——伊格尼斯进化型的容器，最终两人决定以高速决斗做出了断，两人展开了互不相让的攻防。【鲍曼】再次用「风暴访问」得到了连接4的新怪兽，而游作则使用了艾构筑出的新技能——「新生风暴访问」得到新的王牌同步怪兽「电子界量子龙」除去了觉醒驱动龙帝，在【Playmaker】即将取胜时被【鲍曼】使用墓地效果打成平手。

再次现身的鸿上了见主动来与游作和草薙见面，了见向艾提供了特殊的程序，防止莱特宁对艾和游作的暗中袭击。游作他们虽然表示疑惑，但也没有拒绝了见的好意。

在见识了接受过SOL公司改造的【GO鬼冢】与厄斯的决斗后，为了追寻被捕捉的厄斯的踪迹，【Playmaker】与【Soulburner】两人和得到阿库阿协助从【蓝色少女】进化而成【蓝色淑女】的财前葵结成了团队。在目睹【血腥牧人】在与莱特宁的战斗中牺牲后，【幽灵少女】也加入成为团队成员之一，众人展开搜索其余伊格尼斯踪迹的行动。

得到SOL公司进一步强化力量的【GO鬼冢】向【Playmaker】发起了挑战，【GO鬼冢】在SOL公司的帮助下与厄斯的数据进行了融合，使用厄斯的「G石人 水晶心」向【Playmaker】发动猛攻。【Playmaker】想到以「新生风暴访问」进行应对，但是【GO鬼冢】也以「对抗技能」将其无效化，然而这只是【Playmaker】的战略之一，目的是为了削减「对抗技能」为【GO鬼冢】带来的正面影响。但是【GO鬼冢】同样识破了这一步，一连串的打击让【Playmaker】顿时陷入了基本分剩下100的绝境。从滑板上掉落下来的【Playmaker】与艾发现身边仍然有「数据风暴」流动，艾猛然醒悟Playmaker的本能唤来了奇迹，达成了「新生风暴访问」第二个能够在逆境中绝处逢生的效果发动条件，于是提醒让【Playmaker】再次发动「新生风暴访问」。【Playmaker】从第二次的「新生风暴访问」得到了超量怪兽「防火墙超越龙」，「防火墙超越龙」让被消灭的「防火墙龙」再次复活，并且成功打破了【GO鬼冢】的「恐龙摔跤手」的封锁，【GO鬼冢】败北。

为了迎战反人类伊格尼斯阵营而与汉诺骑士合作，一同进入镜像连接境智网与反人类伊格尼斯阵营展开决战，期间被敌人分割区域，旁观了【光之伊格尼斯】莱特宁（Lighting）击败亡灵，【Soulburner】打败【风之伊格尼斯】温迪，鲍曼战胜【蓝色淑女】三场决斗，而之后Playmaker 面前突然出现的敌人是携手至今同甘共苦的伙伴草薙翔一。因弟弟仁被Lightning扣为人质而不得不应战的翔一,对Playmaker发起了决斗， 对Playmaker 卡组熟知的草薙，为了保护弟弟做出毫不留情的攻击，将Playmaker逼入绝境，此时草薙翔一提起了两人在决战前交托的约定，原来二人对莱特宁的阴谋早有预料，草薙翔一出于对弟弟的愧疚早已下定决心为其而战，但却希望作为指引未来的路标的【Playmaker】能舍弃私情为大义而战，Playmaker最终痛下决心，召唤出了新王牌怪兽——解码语者·扩展将其打败，面对怀着对自己的骄傲而消失的草薙翔一，Playmaker和艾潸然落泪，最终向鲍曼与莱特宁宣战后失去意识，此时鲍曼阻止了莱特宁想要对昏迷的【Playmaker】出手的意图，随即与【Soulburner】开战。

在【Soulburner】战败后，【Playmaker】恢复了意识，与此同时左轮故意使莱特宁来到自己这边，【Playmaker】随即赶往两人决战之地，期间左轮揭露了莱特宁犯下的罪和创造鲍曼的真正理由。向来冷静的莱特宁在此刻显露出愤怒，对其挑起决斗。　左轮道出了对有关各火灵和人类将走到哪种未来一事进行模拟，只有莱特宁的结果是人类和火灵一起走向破灭未来的这一实情。他在决斗中也处于优势，还呼唤出了新的“枪管上膛”。就在准备要做了断那时，莱特宁动用了残忍的手段，拿草薙仁当人质，以此引起左轮的动摇。可是，鲍曼对那行为很失望于是制止了莱特宁。莱特宁在自己的作战计划失败之后，向着遍体鳞伤的左轮揭露了有关鸿上博士的冲击性真相，俩人壮烈的决斗终于迎来了断，被左轮逼入绝境的莱特宁选择了玉石俱焚的效果导致两人决斗战平，左轮的意识消失，而莱特宁则被鲍曼吸收，随即鲍曼与【Playmaker】展开决战。

【Playmaker】背负了同伴们的意志于一身，和吸收了火灵的鲍曼展开对峙。然而，另一方面被关在「连接境智网」里面的虚拟形象那边开始发生不断有人倒下的神秘现象。随后，鲍曼突然掀起了强大的“数据风暴”，召唤出令人惊愕的连接怪兽——首只LINK5怪兽——嵌合驱动大蛇混合龙！！鲍曼利用在连接境智网里的人们意识来制造数据风暴，不断召唤出强力的新「驱动龙怪兽」来压制【Playmaker】，【Playmaker】处于对此无计可施的状态。汉诺3骑士他们见到那种情况，于是为了解决状况而开始行动。鲍曼为了制造出数据风暴而利用人类意识来启动「神经元连接」。在汉诺3骑士和晃以及幽灵少女的拼死协助之下，这神经元连接终于遭到破坏。然而，眼前的鲍曼却马上开始了神经元连接的复原，使【Playmaker】陷入到充满绝望的状况之中，这时Ai挺身而出冲向了神经元连接，鲍曼继而利用「神经元连接」创造出规模更为巨型的「数据风暴」来达成发动「技能」——「大师风暴访问」的「必要条件」！紧接着，「鲍曼」通过发动「大师风暴访问」的效果创造出了效果更为强劲的1只连接5的连接怪兽——「完美感知机驱动大蛇龙」将【Playmaker】逼入绝境！Ai破坏掉“神经元连接”的一部分，侵入到鲍曼的程序内，在里面发现已遭完全吸收的5只火灵们。带着那些火灵们留下的最后希望，Ai从程序内逃脱出来，将其托付给【Playmaker】。紧接着这场与鲍曼之间的战斗终于进入最终局面，【Playmaker】靠着伊格尼斯们留下的力量召唤出了新的LINK5怪兽——「防火墙龙・暗流体」，并用其反杀击破了「鲍曼」场上的「完美感知机驱动大蛇龙」，从而完成了对「鲍曼」的「绝地反击」！

在「鲍曼」因这次「宿命之战」的败北而消逝之际，却对「Ai」作出了『「Ai」因选择了和「人类」共处的「阵营」而亲手阻断了「火灵」的「未来」』这条「预言」！

随着「鲍曼」的败北，「镜像连接境智网」轰然崩塌，仿佛看到逝去的「哈尔」在身边静静地守护着「鲍曼」自身一般，「鲍曼」消逝于崩塌的瓦砾中……

从「镜像连接境智网」中分离出的「新生连接境智网」终于恢复了往日的平静，回到「新生连接境智网」的【Playmaker】和「Ai」却遗憾没能从「鲍曼」那里夺回「用户群体」的「意识数据」，这时被「鲍曼」所开发的「神经元连接」夺取了「控制权」的「新生连接境智网」的「用户群体」的「意识数据」竟然奇迹般地回归到了各自的「虚拟实境形象」内！

原来，在「鲍曼」因和「Playmaker」所展开的「大师决斗」的败北而消逝之际，「鲍曼」出于最后的自尊，释放了被囚禁于「神经元连接」内的「用户群体」的「意识数据」，至此，历经过「毁灭性灾难」所试炼的「新生连接境智网」终于在「人类」和「火灵」的协力合作之下得以被挽救！

然而，被「鲍曼」所同化吸收的「莱特宁」、「温迪」、「厄斯」、「阿库阿」、「不灵梦」这5只「火灵」却未能回归到身为各自的「基础原型」的「人类」身边。随着「鲍曼」的消逝而殒命于「新生连接境智网」的这5只「火灵」永远离开了为之悼念的「Ai」……

「Ai」之复仇篇

Playmaker等人活跃之下「电子市」迎来平静。另一方面，从逝去的5只「火灵」的「墓碑」前吸收并破译了逝去的5只「火灵」所残存的「数据」的「Ai」了解到了「莱特宁」临死前所说的「真相」』相关的「记忆」，至此下定决心开始行动。

改头换面的Ai带上罗博比一起潜入SOL技术公司的船里，袭击了Queen，夺得了『控制「SOL技术公司」的「中枢电脑」的「机能」的其中一把「代码钥」。

艾对SOL技术公司最高执行者·王后进行袭击之后，为了夺到侵入SOL公司系统内部所需要的代码钥还向财前发出犯罪预告。迄今为止一起参加激战的艾开始袭击人类的这一事实，令Playmaker感到心情复杂。另一方面，左轮导入反火灵用AI「潘朵儿(パンドール)」，面对与艾之间的决战。

Playmaker下定决心要和艾进行战斗，搜索着已经盯上财前的艾。然而，找到的却是被制造出来用于争取时间的复制艾。其他同伴们也在和眼前出现的复制艾展开战斗的时候，血腥牧人和幽灵少女则遇上寻找对战对手的罗博比，并且开始了组队决斗。罗博比以幽灵少女和血腥牧人为对手并用诡计多端的战术把俩人逼进困境。处于困境的幽灵少女在和血腥牧人合作下呼唤出新王牌，做好反击准备，但最终不敌罗博比而落败。

另一方面，Go鬼冢发现原版的Ai，并且开始决斗。为了守护设施里的孩子们，Go鬼冢复活过来使用「刚鬼」怒涛攻击展开奋斗，却被Ai呼唤的强力怪兽给一扫而空。但是，Go鬼冢燃起不屈的斗志，无数次站起来持续向Ai挑战。Ai在见到那样的身姿之后，向Go鬼冢说出失去同伴后的想法，最终将其击败。

Ai为了完成自己的计划而接连袭击了Playmaker的同伴们，如今终于查明了财前正在避难的地点。左轮察觉到了那一艾的动向，他为了保住财前而在Ai的前方安排了潘多儡出击，但依然不敌Ai而落败。

Ai随即在网络空间发现了财前和蓝色淑女，为了掌握SOL技术公司的系统，向他们挑起了决斗，与此同时击败了复制艾的Playmaker等人赶来观战，面对艾的猛攻，财前和蓝色处女互相保护并同时还应付攻势，将彼此各自心意合而为一发起反击！财前和蓝色处女运用彼此战术来突破艾的布阵，但艾却呼唤出了新的王牌再次把俩人逐渐逼到走投无路。即使遭受艾越发激烈的猛击也仍不死心对抗到底的这份兄妹的强烈牵绊，最终成为了一股唤醒新王牌怪兽的力量将艾逼入绝境，但最终棋差一招而败给了艾，至此艾得到了『控制「SOL技术公司」的「中枢电脑」的「机能」的两把「代码钥」。

本该被关闭的「连接境智网」突然对外开放，Den City的人们纷纷开始登录。另一方面，为了找出夺取SOL技术公司后的Ai留下的线索，Soulburner开始对「连接境智网」内展开调查。最终游作得知了Ai的住处，孤身一人前往位于电子市郊外的小岛。另一方面，Ai在那座岛上已经使用SOL技术公司所开发技术「SOL科极士(ソルティス/SOLtiS，原型ソルスティス/Solstice/太阳二至点)」开始制作自身的复制品，还说出了自己袭击人们的目的以及心里藏着的想法。其后，游作和Ai开始了赌上世界未来的这场最初也是最后的战斗。

Playmaker好不容易才躲过眼前不断展开的攻击，趁着Ai的战术上有机可乘发起攻击。然而，已经对Playmaker了如指掌的Ai的眼里，所有的行动都是在预料之中的事。随后，Ai将伊格尼斯们的心意汇集起来，使究极的「电子界」在此降临。Playmaker知道了Ai在失去同胞后感到的深深悲伤，于是想说服Ai停止战斗。可是，心意已决的Ai并没有起心境变化。随后正当俩人处于激战中，Ai向Playmaker提议某件事。「人」所拥有的联系一事的宝贵性与「AI」所追求的具有绝对性的事物……对彼此的意志有了重新认识的Playmaker和Ai，向着战斗的终局解放了自身残存的力量。究竟俩人的决斗会到达一个什么样的未来？

曾经有个不为人知地在网络世界奔波的人，为了守护世界的和平，和同伴们一同挺身而出，在被后人奉为传说的最后的决斗之中，塑造了人类与AI的命运，他名为——Playmaker！

在没获得「电子界族」卡组之前使用的卡组。

通过残局决斗得到了「电子界族」卡片的踪迹，在某个地方得到了这些卡片，以【Playmaker】的名称使用「电子界族」怪兽为主，包含「码语者」与「电脑网」系列的卡片，主攻连接召唤并兼容仪式・融合・同步・超量召唤的卡组。

技能

OCG卡片

* 使用技能「风暴访问」/「新生风暴访问」获得的怪兽

未OCG卡片

在现实生活中有一个假卡组，不仅加入了非常旧的卡片，还使用了非常基础的组法，使得游作在旁人看来像是一个平庸的决斗者。