2016年3月12日，经中华人民共和国交通运输部批准，原虎门港改名为东莞港。

2017年10月13日，东莞港下辖的沙田港区、麻涌港区和内河港区正式揭牌成立。

2018年11月6日，虎门港综合保税区获中国国务院批复，待验收后再做相应更名；12月29日，东莞港三期码头开港，湾区快线2、3号线开航。

2019年3月20日，东莞港石龙作业区的中外运石龙码头改扩建工程完成初步设计。

东莞港地处珠江入海口东岸片区，坐落于广州、东莞、深圳、香港城市发展轴带中间和珠三角经济区中心位置，同时位于珠江出海航道要冲，背靠外向型经济发展活跃的珠江三角洲东北部区域。东莞港各港区沿东江下游至整条狮子洋出海口水域布置，其中港区坐标大致为东经113°58′、北纬22°86′，北江、东江和广州珠江的主干与支流汇聚于此，北通内河、南下外海。2017年，东莞港拥有珠江口53公里深水岸线，海域面积79平方公里；后方陆域资源充足，可供开发土地面积3.2平方公里；沙田港区面积107平方公里，拥有28公里的海岸线。

截至2017年5月，东莞港由外海港和内河港两大部分组成。其中，外海港包括麻涌、沙田、沙角和长安四个港区。麻涌港区位于广州珠江与东江干流汇入口东面，东莞市西北部、毗邻广州市开发区。沙田港区为东莞港主港区，位于东莞市西部、东江南支流出海口与狮子洋交汇处，与珠江主航道衔接，距桂山锚地约40海里、香港约50海里、深圳约30海里、广州南沙约7海里。

内河港区位于东江下游段，分散在东江北干流和多条支流上，包括石龙、莞城和中堂三个作业区，处于广州、东莞、惠州三市交界地带。其中，石龙作业区西距广州69公里、南距深圳78公里。莞城、中堂作业区沿东莞水道经珠江口出海可直达深圳、珠海等沿海港口及港澳等地；通过珠江三角洲水网及东江干流航道可抵广州、石龙、博罗、惠州等港口。莞城、中堂作业区分东江南支流和莞城运河两部分：东江南支流部分上至樟村，下至龙湾，全长8000米；莞城运河部分上自新楼桥，下至坝头桥，全长5000米；水域面积34.8万平方米，陆域面积1.04万平方米。

东莞港沙田港区属于南亚热带过渡地区，具有夏长无冬、阳光充足、日照长、热量丰富、雨量充沛、气候温和、温差振幅小以及季候风明显的特点。因濒临狮子洋水网地带拥有典型的海洋性气候，沙田港区空气中水蒸气含量较多，春季常出现雾天，一年平均相对湿度为79%，年平均气压为1010.6毫帕；每年日照量约2000小时。麻涌港区气候温和，年平均气温22℃，属于亚热带海洋性气候。每年6至10月为台风季节，麻涌至虎门一带港区受天气影响较大；莞城、石龙和其它内河港区的作业，受台风、降雨等天气的影响不大。

东莞港全港海岸线总长115.94公里，海域面积79平方公里；其中珠江干流岸线53公里，纵向水深-5至-15米、宽2至4公里；水域丰水少砂、深槽靠岸。沙田港区进港水道底宽160米，水深-11.5米，可供3万吨级海轮全天候通行，5万吨级船舶可乘潮进出。内河港区的莞城和中堂作业区处东江三角洲水网地带，水流缓慢，不受洪、枯水影响；航道水深3至4米，最深7至8米；枯水期最低水位-0.84米（珠江基准面），洪水警戒线2.7米；历年最高水位5.04米，最低水位-0.84米，平均潮差0.8米。石龙老港码头作业区，港池面积1.09万平方米，宽15米，洪水水位深5米，枯水深3米，平均水深4米。石龙新港水铁码头作业区港池面积15000平方米，宽20米，洪水位深4米，枯水位深2米，平均水位深2.5米。

东莞港沙田主港区地势平坦，河涌交错；西北部地势较高、东南部地势较低，由西北向东南倾，属于珠江三角洲平原组成部分。该区域地势可分两个单元：一是河漫滩地貌，标高0.9至1.6米，地势平坦、低洼，第四纪的冲积层分布于整个沙田地域；二是三级阶地地貌，标高25至50米，属剥蚀阶地，坡度较大、有基岩暴露，分布于闍西山和稔洲山二处。

东莞境内共有航道72条，干支流纵横交错，分别汇入东江、珠江和狮子洋；主要航道有东江干流、东莞水道、麻涌水道、中堂水道、倒运海水道、大汾北水道和寒溪水道；狮子洋主航道水深-13米。

截至2000年，东莞市境内港口有各类泊位109个，最大停泊能力3万吨级。

截至2017年10月，东莞港共有212个生产性泊位，其中包括29个万吨级以上泊位；全港设计通行能力10768万吨，集装箱运输能力87万TEU，客运能力70万人次。

截至2000年，东莞市境内港口有各类装卸机械160余台。莞城、中堂作业区有11座仓库、8处堆场；石龙港有44座仓库、33处堆场；太平港有1座客运站；麻涌港有1座客运站。

截至2014年，东莞港国际集装箱码头总面积48.5万平方米，拥有岸桥6台、门机2台、场桥20台；堆场容量为2.7万标箱，冷藏箱插座576个，保税仓库面积7110平方米；配有海关检验场、检验检疫查验场、熏蒸办公室和地磅等设施。

东莞港经营业务包括码头、物流、石化、公用和建材五大部分。其中，内河港区主要转运成品油、矿建材料、水泥、粮食、化肥等；其中石龙作业区为“水铁联运”中心，也是中东物流的集散基地。外海港区主要货物品种包括：木材、钢铁、化工原料及其制品、轻工、医药产品、矿建材料、石油、天然气、煤炭、水泥、棉花和粮食等。东莞国际集装箱码头主营业务有：集疏运网络、班轮驳船及拖车服务、物流配套服务、出口拼箱业务、散集一体化装箱服务、进口保税和进口拆箱服务、危险品作业和散件杂货业务。

东莞港沙田港区主要发展集装箱、物流仓储、精细化工、临港工业、商贸配套等；麻涌港区主要发展粮食、煤炭以及建材等散杂货运输及粮油加工业；沙角港区主要发展旅游休闲的滨水商贸区；长安港区侧重发展大型深水泊位和临海工业，为远期发展区域；内河港区主要为东莞提供综合性传统运输服务。

截至2017年1月，东莞港已开通2条台湾航线和2条东南亚航线，另每天约有20个外贸驳船航班往返于东莞港与香港、深圳或南沙之间；已有19条内贸航线，通往天津、营口、太仓、京唐、北部湾等地，其中天津和太仓线每天班、营口线一周四班。截至同年10月，东莞港集装箱班轮航线总数23条，覆盖中国国内沿海、台湾和东南亚等地区港口。

2018年12月29日，东莞港湾区快线2至3号线正式开航；新增4条内外贸、滚装航线，包括“东莞港-营口港-锦州港”航线、越南海防航线和2条滚装航线。

2000年，东莞市全年水运客流量17万人次、货运量1991万吨。其中原东莞港全港共完成货物吞吐量63.88万吨。

2015年，虎门港全港货物吞吐量达1.3亿吨，完成集装箱吞吐量336.3万标箱，集装箱排名广东省第3位、中国全国沿海港口第11位、世界港口排名第54位。

2016年，东莞全港总货物吞吐量达1.46亿吨，集装箱吞吐量达364万标箱，在中国全国沿海港口集装箱吞吐量排名11位、在全球集装箱港口吞吐量排名40位。

截至2019年5月，东莞港拥有广梅汕铁路麻涌港区、石龙港区专用支线铁路，广九铁路、广深铁路、广深港高速铁路、广惠城际铁路和穗深城际铁路从各港区经过，设有石龙站、麻涌站、东莞港站、虎门站、长安站等多个客货站点；广深高速公路、广深沿江高速公路、广龙高速公路，珠三角环线高速公路衔接港区。

2009年，东莞港（虎门港）沙田港区5#、6#泊位工程获中交股份优质工程奖。

2017年，东莞港“东莞市虎门港沙田港区立沙岛作业区鸿源航空油品码头工程项目”获水运交通优秀设计奖三等级。

根据2018年11月6日中国国务院相关批复，虎门港综合保税区规划面积2.237平方公里，范围东至广深沿江高速、南至进港南路、西至港口大道、北至进港中路。

由东莞沙田港与太平港合并而成的虎门港，经历港镇统筹后取得跨越式发展，如今不但更名为“东莞港”，还凭借优越的港口优势开辟了多条联通世界各国的航行线路，让东莞制造通过更加便捷快速的渠道走出国门。东莞港不但成为沙田镇港经济社会发展的重要支撑，还将承担起东莞打造蓝色临海产业带、建设海洋经济强市、实现粤港澳大湾区产业融合升级发展的历史重任。（《南方都市报》 评）