蛇口出入境边防检查站隶属于深圳出入境边防检查总站，正处级建制，担负深圳蛇口港区海港口岸的出入境人员和出入境船舶的边防检查和监护任务。

蛇口出入境边防检查站多年来不断深化服务理念，进行海港管理模式改革，改善通关环境，为企业赢得了在国际竞争中的优势，从而助推西部港口物流经济的发展。2004年11月8日成立报检中心，利用互联网“西部平台”建立出入境船舶网上报检系统，实行国际航行船舶预报检制度，由报检中心统一受理出入境船舶网上报检等工作，代理人员无需到边检窗口边理预检手续，大大减少了代理人员的重复劳动，进一步提高了口岸运作效率。自实行网上报检以来，从深圳西部港区出入境的船舶数量和各集装箱码头吞吐量连创新高。2006年和2008年验放出入境船舶数量，在全国边防检查站中居第一名。