萼囊花科的学名Vochysiaceae由模式属萼囊花属学名Vochysia的复合形式Vochysi-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名亦由模式属中文名“萼囊花属”中的专名“萼囊花”加上“科”字构成。其单纯的中文别名有独蕊科、蜡烛树科、囊萼花科等，详见萼囊花属条目的“词源”一节。