在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸（三浦春马饰）决定再也不碰电脑，可是他还是不能阻止自己和朋友九条音弥（佐藤健饰）、高木遥（川岛海荷饰）被卷入到新的计划当中。载有核弹的飞机正在一点点向东京逼近，而东京的群众却毫不知情，为了避免东京遭受到核弹的重创，藤丸和音弥不得不继续开始奋战。而他们所面对的除了老对手折原玛雅（吉濑美智子饰）和神崎润（成宫宽贵饰）外，还有许多新人。

与《血色星期一》相比，《血色星期一2》有各种各样更为宏大的场面。除了藤丸和音弥，第一季的几位主要人物恐怖分子折原MAYA，J,以及正义一方的警官雾岛以及萩原等人悉数登场。除了他们之外，故事还增加更多新的人物，到底谁才是敌人，谁才是朋友，一时雾里看花，难辨真假。（搜狐网评）