为整合健康业务推动事宜，卫生署自2001年7月12日。，将“保健处”、“公共卫生研究所”、“家庭计划研究所”与“妇幼卫生研究所”等单位合并。成立为“健康局”。其负责推动及执行民众健康政策、社区居民健康、民众营养之规划及推动等事项。由局长主导局务，下置副局长二人，主任秘书一人和五组二中心等单位。五组为“社区健康组”、“癌症防治组”、“妇幼及生育保健组”、“儿童及青少年保健组”与“成人及中老年保健组”，二局则为“卫生教育中心”和“人口与健康调查研究中心”。2012年卫生福利部成立后改为卫生福利部健康署。