1977年，国家进入社会主义现代化建设新时期，衡阳医学院恢复本科建制，各项事业得到恢复和发展。

1978年9月，湖南省编委下发《关于同意成立衡阳医学院肿瘤防治研究室、心血管疾病防治研究室的通知》，编制18人。

1981年，学院首批获得学士学位授予权。

1983年4月，湖南省人民政府办公厅决定将衡阳地区人民医院改为衡阳医学院附属医院，划归衡阳医学院领导。10月，省编委发文，同意将原衡阳地区人民医院定名为衡阳医学院第一附属医院，原学院附属医院定名为衡阳医学院第二附属医院。

1986年，被国家教委批准为硕士学位授予单位，同时取得病理生理学硕士学位授予权。

1998年，药理学、肿瘤学、病原生物学、外科学被增列为硕士学位点。

1989年，在原肿瘤研究室和心血管病研究室的基础上，成立肿瘤防治研究所和心血管病研究所。

1992年，病理学、病理生理学、组织胚胎学、微生物学、分子生物学被批准为省级重点学科。

1997年12月9日，省政府下文同意将省结核防治院划给衡阳医学院作为其附属第三医院。

1998年5月，药理学、肿瘤学、病原生物学、外科学学科专业被增列为硕士学位点。

2000年，与中南工学院合并成立南华大学。

2003年，获基础医学博士学位授予权（病理学与病理生理学）。

2009年，获批基础医学一级学科博士后科研流动站。

2011年，开始留学生教育。

2017年，获批国家临床教学培训示范中心，获批国家疑难病症诊治能力提升工程（心血管）。

2018年，恢复“南华大学衡阳医学院”名称，护理学专业通过教育部临床医学专业认证有效期6年，新增临床医学一级学科博士点，基础医学入选湖南省国内一流培育学科。

2019年，新增附属长沙中心医院和附属公共卫生医院。

2020年，医教研协同创新改革，完善衡阳医学院的医学教育和医院管理职能。

2021年，新增附属第七医院（湖南省荣军医院整建制转隶）。

2022年7月，南华大学附属妇幼保健院（临床学院）揭牌成立。

2023年12月，南华大学衡阳医学院红十字志愿者服务队成立大会暨授旗仪式召开。

2024年4月28日，中国抗癌协会在湖南的培训基地正式落地南华大学衡阳医学院。

截至2023年9月，学院有基础教师390余人，附属医院临床教师1200余人，共有教授、主任医师等正高职称人员500余人， 博士学位教师400余人；有全国高校黄大年式教学团队1个，部省级创新团队、省高校科技创新团队、省级教学团队5个；有海外高层次人才计划入选者、长江学者特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家高层次人才特殊支持计划专家、国家重大项目首席科学家、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者、享受国务院政府特殊津贴专家等40余名，省部级学科学术带头人、高层次卫生人才、教学名师等140余名。

国家杰出青年基金获得者：张灼华、夏昆、王福俤、刘祖国

国家高层次人才特殊支持计划专家：夏昆、王福俤

国家卫生计生突出贡献中青年专家：姜志胜

教育部新世纪优秀人才：夏昆、王丹玲、张晓东

教育部虚拟教研室建设试点：临床技能学虚拟教研室

湖南省优秀教学团队：病原生物学教学团队、临床技能学教学团队

截至2023年9月，学院设有4个教学学院，开设本科专业11个。

截至2023年9月，学院有国家一流专业7个，国家一类特色专业2个，省级一流专业10个，国家一流课程4门，省级一流课程19门，国家精品/资源共享课程及省级精品（在线开放）课程29门；拥有国家级虚拟仿真实验中心、校外实践教育基地、临床教学培训示范中心、住院医师和专科医师规范化培训基地，以及湖南省基础医学（药学）拔尖学生培养基地。

国家一类特色专业：临床医学、预防医学

国家级一流本科专业建设点：临床医学、护理学、预防医学、卫生检验与检疫、药学、生物技术、医学检验技术

国家卓越医生教育培养计划项目：五年制临床医学人才培养模式改革试点、农村订单定向免费医学教育人才培养模式改革试点等

国家级虚拟仿真实验教学中心：医学虚拟仿真实验教学中心

湖南省重点专业：临床医学

湖南省特色专业：医学检验

湖南省级一流本科专业建设点：临床医学、护理学、预防医学、卫生检验与检疫、药学、生物技术、医学检验技术、麻醉学、医学影像学、口腔医学

湖南省示范实验教学中心：机能学

湖南省基础学科拔尖学生培养基地：协同创新班-基础医学（药学）拔尖基地

截至2023年9月，学院获批教育部“卓越医生教育培养计划” 3个。取得教学成果36项，其中国家优秀教学成果优秀奖和二等奖共2项，省级教学成果一等奖4项。

截至2023年9月，学院拥有一级学科博士后科研流动站2个，一级学科博士学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点7个，硕士专业学位授权类别4种。临床医学、药理学与毒理学科、生物物理与生物化学进入ESI全球学科排名前1%。基础医学入选湖南省国内一流培育学科。

博士后科研流动站：基础医学

一级学科博士学位授权点：基础医学、临床医学

一级学科硕士学位授权点：基础医学、临床医学、生物学、药学、公共卫生与预防医学、护理学

硕士专业学位授权类别：临床医学、药学、公共卫生、护理学

湖南省重点学科：病理学与病理生理学

湖南省国内一流培育学科：基础医学

湖南省研究生培养创新基地：湖南省疾控中心、湖南景达生物公司

截至2023年9月，学院拥有国家卫生健康委出生缺陷研究与预防重点实验室1个，国家中医药管理局全国名老中医专家传承工作室1个、拥有国家级临床重点专科建设项目1个、国家级保健特色专科2个，国家级儿童早期发展示范基地1个、国家级新生儿保健特色专科建设单位1个、拥有湖南省重点实验室5个、湖南省高校重点实验室4个、湖南省临床医学研究中心13个，还有湖南省协同创新中心、湖南省医学研究中心、湖南省临床医疗示范基地等省级科研平台。

国家卫生健康委重点实验室：国家卫生健康委出生缺陷研究与预防重点实验室

湖南省重点实验室：动脉硬化学湖南省重点实验室、特殊病原体防控湖南省重点实验室、肿瘤细胞与分子病理学实验室湖南省重点实验室、典型环境污染与健康危害湖南省重点实验室、肿瘤微环境响应药物研究湖南省重点实验室

湖南省高校重点实验室：肿瘤细胞与分子病理学湖南省高校重点实验室、重要特殊病原体防控湖南省高校重点实验室、药物蛋白质组学湖南省高校重点实验室

衡阳市重点实验室：应用解剖与生殖医学衡阳市重点实验室

湖南省高校科技创新团队：动脉硬化学研究团队、病原体致病机制与防治研究团队

截至2023年9月，学院承担省部级以上课题1300余项，获得省部级以上科技成果108项，其中省部级一、二等奖35项。

《中南医学科学杂志》2015年入选中国科技核心（统计源）期刊，开设了专家论坛、专题报道、基础医学、临床医学、流行病学研究、技术方法、健康与护理、文献综述、研究快报、个案报道、学术动态（国外期刊摘译）等栏目。《中南医学科学杂志》入选科技部中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）。同时被美国化学文摘（CA）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、万方数字化期刊全文数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）全文数据库（CNKI）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、维普科技期刊全文数据库等检索数据库收录。

《中国动脉硬化杂志》被中国科学引文数据库（CSCD）收录为核心期刊，入编中文核心要目总览内科学核心期刊、收录为中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价数据库核心期刊，被美国《化学文摘（CA）》收录。《中国动脉硬化杂志》2012年获“第二届湖湘优秀出版物奖”； 2013年《专家论坛》栏目获第四届湖南省期刊优秀栏目奖； 2014年获湖南省第六届 “十佳自科期刊”；2018年获湖南省第八届 “十佳自科期刊”；2019年《专家论坛》栏目获第七届湖南省期刊优秀栏目奖。

根据2022年9月学院官网信息显示，学院组织教师赴花垣县十八洞村开展义诊活动，举办2022年湖南省“生殖医学创新基础与临床前沿探索”研究生暑期学校，2022年基础医学、生物学、公共卫生与预防医学、护理学全国优秀大学生暑假夏令营，开展2022年大学生暑期三下乡社会实践活动。

2023年12月，经中央批准，国家卫生健康委决定授予南华大学衡阳医学院“全国援外医疗工作先进集体”荣誉称号。