出身于名门望族，明代仅是贡生，未曾出仕。少负才名，放浪不羁，致力于传奇创作。明末膺岁贡,入国子监读书。崇祯十七年（1644），李自成攻占北京时，滞留于京师。清兵入关后，即降清,任工部虞衡司主事、营缮司员外郎等职,曾为苏州士绅代写降表进呈,因此顺治五年升任荆州知府。顺治十年（1653）被参罢官，便侨寓江宁，后寄居会稽，落魄以终。

明末，他倾向于东林党，而且祖上累世为官;清朝定鼎，很快就仕于清，所以颇受时人非议。袁于令是相当有个性的人物，据尤侗《艮斋杂说》记载，他在荆州时，一天长官问：“闻贵府有三声。谓围棋声，斗牌声，唱曲声也。”袁于令则说：“下官闻公亦有三声。”这“三声”是“算盘声、天平声、板子声。”据此可见其机智与正直的品格。明末写有抨击魏忠贤及其党羽的《瑞玉记》传奇，当时即以词曲擅名。所作传奇有《西楼记》《金锁记》《珍珠衫》《鹔鹴裘》《长生乐》等。尤以《西楼记》成就较高，影响较大，袁于令颇以此作自负。他还写有杂剧《双莺传》。一般认为，他是长篇小说《隋史遗文》的作者（或说是评改者）。《新传奇品》评其作如“海鹤鸣秋，声清影淡”。晚年侨居会稽。“吴门袁氏”为吴县刻书世家,从明正德年间就开始刻书。袁于令本人的刻书室名“剑啸阁”,刊刻戏曲小说多种。