这种分类法和传统的依照形态分类不同，是主要依照植物的三个基因组DNA的顺序，以亲缘分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。

在科一级的分类时，这种分类法因为将一些传统的科分为几个科，或将几个传统的科合并，引起了很大的争议。在目以上的分类时，这种分类法没有使用传统的分类名称：门和纲，而是使用“分支”，例如单子叶植物分支、真双子叶植物分支、蔷薇分支、菊分支等。

2003年这种分类法出版了修订版：《被子植物APG II分类法 (修订版)》。

被子植物APG III分类法是被子植物种系发生学组（APG）继1998年APG I及2003年APG II之后，花了6年半修定的被子植物分类法，于2009年10月正式在林奈学会植物学报发表。