嘉庆六年，命赴陕西犒军，时经略额勒登保驻略阳，行简疏言：“川、陕兵宜扼冲严守，使陕匪不入川，川匪不入陕，然后逼使东窜，经略以大兵蹙之，可计日枭缚。”又言自宝鸡至褒城，栈道卡兵宜复设。且于要害设大营，隔贼路，通粮运。又以额勒登保方引嫌，自请举劾止及于麾下，行简疏请五路将士皆听举劾，移书川督勒保，陈廉、蔺相下之义，两帅大和。途次，进太仆寺卿，赐花翎。寻出为河南布政使，丁母忧，服阕，补福建布政使。

自乾隆末授受礼成，恩免废员，各州县钱谷出入，益滋纠葛，行简锐事清帑，司册目十有一，创增子目，支解毫黍皆见，吏不能欺。九年，入觐，会仁宗欲清厘直隶仓库，嘉其成效，特以调任。行简澈底清覈，逐条覆奏，略曰：“直隶州县，动以皇差为名，藉口赔累。自乾隆十五年至三十年，四举南巡，两幸五台，六次差务，何以并无亏空？四十五年至五十七年，两举南巡，三幸五台，差务较少，而亏空日增。由于地方大吏，贪黩营私，结交馈送，非差务之踵事增华，实上司之借端需索。近年一不加察，任其藉词影射，相习成风。试令州县扪心自问，其捐官肥己之钱，究从何出？此臣不敢代为宽解者也。分年弥补，则有二难：直隶驿务繁多，所有优缺，祗可调剂冲途，又别无陋规可提，此为难一也。现任亏空，革留勒限，彼必爱惜官职，卖田鬻产，亦思全完。若责以代前任按年弥补，焉肯解囊，势必取给仓库。前欠未清，后亏复至，此为难二也。州县亏项无着，例应道府分赔；道府赔项无着，例应院司摊赔。今直隶未申明定例，请于两次清查应行监追者，再限一年。如财产实属尽绝，着落上司分别赔缴。嘉庆十年以后，交代亏缺，惟有执法从事，不得混入清查，致有宽纵。”疏入，上嘉其明晰，下部议行。寻命以兵部侍郎衔署直隶总督。